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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d6h | ||||||
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タイトル | CHALONE SYNTHASE (N336A MUTANT COMPLEXED WITH COA) | ||||||
![]() | CHALCONE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / POLYPETIDE SYNTHASE / FLAVONOID BIOSYNTHESIS / MALONYL-COA DECARBOXYLATION / SITE-DIRECTED MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() chalcone biosynthetic process / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Jez, J.M. / Ferrer, J.L. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dissection of malonyl-coenzyme A decarboxylation from polyketide formation in the reaction mechanism of a plant polyketide synthase. 著者: Jez, J.M. / Ferrer, J.L. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42513.934 Da / 分子数: 1 / 変異: N336A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.2-2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, 2 MM DITHIOTHREITOL (DTT), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→21 Å / Num. all: 49636 / Num. obs: 18202 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.72 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 2.27 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / % possible all: 90.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 49636 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.15→85 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→85 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.184 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.015 |