[日本語] English
万見
- PDB-1d4u: INTERACTIONS OF HUMAN NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR PROTEIN XPA WITH... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d4u
タイトルINTERACTIONS OF HUMAN NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR PROTEIN XPA WITH RPA70 AND DNA: CHEMICAL SHIFT MAPPING AND 15N NMR RELAXATION STUDIES
要素NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR PROTEIN XPA (XPA-MBD)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA REPAIR / LOOP-RICH DOMAIN / NMR RELAXATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / response to auditory stimulus / UV protection / UV-damage excision repair / protein localization to nucleus / nucleotide-excision repair / base-excision repair / Dual Incision in GG-NER ...nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / response to auditory stimulus / UV protection / UV-damage excision repair / protein localization to nucleus / nucleotide-excision repair / base-excision repair / Dual Incision in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / sequence-specific double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / nuclear body / protein domain specific binding / DNA repair / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotide Excision Repair Protein XPA (XPA-MBD); B Chain A / XPA C-terminal domain / XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. ...Nucleotide Excision Repair Protein XPA (XPA-MBD); B Chain A / XPA C-terminal domain / XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein complementing XP-A cells
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Buchko, G.W. / Daughdrill, G.W. / de Lorimier, R. / Rao, S. / Isern, N.G. / Lingbeck, J. / Taylor, J. / Wold, M.S. / Gochin, M. / Spicer, L.D. ...Buchko, G.W. / Daughdrill, G.W. / de Lorimier, R. / Rao, S. / Isern, N.G. / Lingbeck, J. / Taylor, J. / Wold, M.S. / Gochin, M. / Spicer, L.D. / Lowry, D.F. / Kennedy, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Interactions of human nucleotide excision repair protein XPA with DNA and RPA70 Delta C327: chemical shift mapping and 15N NMR relaxation studies.
著者: Buchko, G.W. / Daughdrill, G.W. / de Lorimier, R. / Rao B, K. / Isern, N.G. / Lingbeck, J.M. / Taylor, J.S. / Wold, M.S. / Gochin, M. / Spicer, L.D. / Lowry, D.F. / Kennedy, M.A.
履歴
登録1999年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR PROTEIN XPA (XPA-MBD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3442
ポリマ－13,2781
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR PROTEIN XPA (XPA-MBD)


分子量: 13278.207 Da / 分子数: 1 / 断片: XPA-MBD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23025
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
121HN(CA)CB
131(H)CCH-TOCSY
141(H)CCH-TOCSY-NNH
151HNCO
161CBCA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: 3D NOESY AND TOCSY SPECTRA WERE COLLECTED ON THE CO2+ SUBSTITUTED XPA-MBD.

-
試料調製

詳細内容: 50MM TRIS-HCL;PH7.3,150MM KCL, 25MM DTT
試料状態イオン強度: 150mM / pH: 7.3 / 圧: 1ATM. / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7502

-
解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER, A.T. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: PARAMAGNETIC PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE USED IN THE REFINEMENT.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る