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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d4c | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNCOMPLEXED FORM OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 | |||||||||
要素 | FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TETRAHEME FLAVOCYTOCHROME C | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fumarate reductase (cytochrome) / steroid metabolic process / FMN binding / periplasmic space / oxidoreductase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Leys, D. / Tsapin, A.S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structure and mechanism of the flavocytochrome c fumarate reductase of Shewanella putrefaciens MR-1. 著者: Leys, D. / Tsapin, A.S. / Nealson, K.H. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d4c.cif.gz | 440 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d4c.ent.gz | 369.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d4c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d4c_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d4c_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1d4c_validation.xml.gz | 73.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d4c_validation.cif.gz | 99.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59974.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shewanella oneidensis (バクテリア) / 株: MR1 / 参照: UniProt: P83223, succinate dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate with added PEG 400, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 266443 / Num. obs: 59920 / % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 266443 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→15 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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