+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d41 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STABILIZATION OF Z-DNA BY DEMETHYLATION OF THYMINE BASES: 1.3 ANGSTROMS SINGLE-CRYSTAL STRUCTURE OF D(M5CGUAM5CG) | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Zhou, G. / Ho, P.S. | ![]() ![]() タイトル: Stabilization of Z-DNA by demethylation of thymine bases: 1.3-A single-crystal structure of d(m5CGUAm5CG). 著者: Zhou, G.W. / Ho, P.S. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 11.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1823.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.71 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
---|---|
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.3 Å / Num. all: 3869 / Num. obs: 2870 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 開始モデル: ZDFB06 IN WHICH THE METHYL GROUPS OF THE THYMINE BASES WERE REMOVED FROM THE C5 POSITIONS. 最高解像度: 1.3 Å /
| ||||||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.3 Å
| ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.208 / Num. reflection obs: 2870 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |