+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d20 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF PHAGE LAMBDA HALF-OPERATOR DNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA / DOUBLE HELIX / PHAGE LAMBDA HALF-OPERATOR | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / ENERGY MINIMIZATION, MOLECULAR DYNAMICS | ||||||
![]() | Baleja, J.D. / Sykes, B.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of phage lambda half-operator DNA by use of NMR, restrained molecular dynamics, and NOE-based refinement. 著者: Baleja, J.D. / Pon, R.T. / Sykes, B.D. #1: ![]() タイトル: Distance Measurement and Structure Refinement with Noe Data 著者: Baleja, J.D. / Moult, J. / Sykes, B.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 12.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 237.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 237.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2979.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / ![]() |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 3109.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|
-
試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: other |
---|
-
解析
NMR software | 名称: GROMOS / 開発者: DE VLIEG ET AL. / 分類: 精密化 |
---|---|
精密化 | 手法: ENERGY MINIMIZATION, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST PRIMARY NOE DATA. THE R VALUE IS 0.19 OVER ALL OBSERVED, QUANTIFIED, NOE CROSSPEAK INTENSITIES. THE NOE-BASED PROCEDURE USED TO REFINE THESE STRUCTURES ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST PRIMARY NOE DATA. THE R VALUE IS 0.19 OVER ALL OBSERVED, QUANTIFIED, NOE CROSSPEAK INTENSITIES. THE NOE-BASED PROCEDURE USED TO REFINE THESE STRUCTURES INCLUDED CORRELATION TIME ADJUSTMENT FACTORS, WHICH ARE APPROXIMATELY RELATED TO THE INVERSE OF THE TEMPERATURE FACTORS ASSOCIATED WITH X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. THESE VALUES ARE INCLUDED IN THE COLUMN NORMALLY USED FOR TEMPERATURE FACTORS. VALUES OF 0.0 APPEAR FOR NON-HYDROGEN ATOMS, WHICH WERE NOT USED IN THE NMR CALCULATIONS. FURTHER DETAILS ARE GIVEN IN REFERENCE 1. |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |