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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d19 | ||||||||||||||||||
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タイトル | SOLUTION CONFORMATION OF PURINE-PYRIMIDINE DNA OCTAMERS USING NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS AND NOE-BASED REFINEMENT | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / ENERGY MINIMIZATION, MOLECULAR DYNAMICS | データ登録者 | Baleja, J.D. / Sykes, B.D. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Solution conformation of purine-pyrimidine DNA octamers using nuclear magnetic resonance, restrained molecular dynamics and NOE-based refinement. 著者: Baleja, J.D. / Germann, M.W. / van de Sande, J.H. / Sykes, B.D. #1: ジャーナル: J.Magn.Reson. / 年: 1990 タイトル: Distance Measurement and Structure Refinement with Noe Data 著者: Baleja, J.D. / Moult, J. / Sykes, B.D. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d19.cif.gz | 19 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d19.ent.gz | 10.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d19_validation.pdf.gz | 237.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d19_full_validation.pdf.gz | 237.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d19_validation.xml.gz | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d19_validation.cif.gz | 3.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d19 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
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-解析
NMR software | 名称: GROMOS / 開発者: DE VLIEG ET AL. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: ENERGY MINIMIZATION, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURE WAS THEN REFINED AGAINST PRIMARY NOE DATA. THE R VALUE IS 0.19 OVER ALL OBSERVED, QUANTIFIED, NOE CROSSPEAK INTENSITIES. THE NOE-BASED PROCEDURE USED TO REFINE THESE STRUCTURES ...詳細: THE STRUCTURE WAS THEN REFINED AGAINST PRIMARY NOE DATA. THE R VALUE IS 0.19 OVER ALL OBSERVED, QUANTIFIED, NOE CROSSPEAK INTENSITIES. THE NOE-BASED PROCEDURE USED TO REFINE THESE STRUCTURES INCLUDED CORRELATION TIME ADJUSTMENT FACTORS, WHICH ARE APPROXIMATELY RELATED TO THE INVERSE OF THE TEMPERATURE FACTORS ASSOCIATED WITH X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. THESE VALUES ARE INCLUDED IN THE COLUMN NORMALLY USED FOR TEMPERATURE FACTORS. VALUES OF 0.0 APPEAR FOR NON-HYDROGEN ATOMS, WHICH WERE NOT USED IN THE NMR CALCULATIONS. FURTHER DETAILS ARE GIVEN IN REFERENCE 1. |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |