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- PDB-1d0r: SOLUTION STRUCTURE OF GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1-(7-36)-AMIDE IN TRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d0r
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1-(7-36)-AMIDE IN TRIFLUOROETHANOL/WATER
要素GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1-(7-36)-AMIDE
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / SYNTHETIC HORMONE / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / : / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion ...glucagon receptor binding / : / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / response to activity / gluconeogenesis / hormone activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / glucose homeostasis / secretory granule lumen / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Chang, X. / Keller, D. / Bjorn, S. / Led, J.J.
引用
ジャーナル: MAGN.RESON.CHEM. / 年: 2001
タイトル: Structure and Folding of Glucagon-like Peptide-1-(7-36)-amide in Trifluoroethanol Studied by NMR
著者: Chang, X. / Keller, D. / Bjorn, S. / Led, J.J.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: NMR studies of the aggregation of glucagon-like peptide-1: formation of a symmetric helical dimer
著者: Chang, X. / Keller, D. / O'Donoghue, S.I. / Led, J.J.
履歴
登録1999年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name
改定 1.52024年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1-(7-36)-AMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3031
ポリマ－3,3031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #10lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1-(7-36)-AMIDE


分子量: 3302.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RECOMBINANT FORM / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01275

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
1422D NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11.4MM GLUCAGON-LIKE PEPTIDE 1-(7-36)-AMIDE
21.4MM GLUCAGON-LIKE PEPTIDE 1-(7-36)-AMIDE
試料状態pH: 2.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMBrukerAM5001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 280 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, AND 24 DISTANCE RESTRAINTS FROM HYDROGEN BONDS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsAtom type: all backbone atoms / Bond angle rms dev: 3.3 ° / Chain range begin: A / Chain range end: A
Coord average rmsd method: THE AVERAGE OF THE RMSD TO THE MEAN OF THE 20 NMR CONFORMERS AS DESCRIBED IN REFERENCE JRNL IS 2.92 ANGSTROMS FOR THE N, C AND CA BACKBONE ATOMS
Covalent bond rms dev: 0.0144 Å / Improper torsion angle rms dev: 0.33 ° / Residue range begin: 1 / Residue range end: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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