+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cxy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE AND CHARACTERIZATION OF ECTOTHIORHODOSPIRA VACUOLATA CYTOCHROME B558, A PROKARYOTIC HOMOLOGUE OF CYTOCHROME B5 | ||||||
![]() | CYTOCHROME B5 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / HELIX / BETA-STRAND | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kostanjevecki, V. / Leys, D. / Van Driessche, G. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Fischer, U. / Guisez, Y. / Van Beeumen, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and characterization of Ectothiorhodospira vacuolata cytochrome b(558), a prokaryotic homologue of cytochrome b(5). 著者: Kostanjevecki, V. / Leys, D. / Van Driessche, G. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Fischer, U. / Guisez, Y. / Van Beeumen, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 21.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 814.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 815.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10106.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: MES, NACL, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 63.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→15 Å / Num. all: 92730 / Num. obs: 14370 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 23.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 92730 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.65→12 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USE MAXIMUM LIKELIHOOD PROCEDURE
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→12 Å
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|