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- PDB-1cx4: CRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF THE TYPE II BETA REGULA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cx4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF THE TYPE II BETA REGULATORY SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
要素CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REGULATORY SUBUNIT TYPE II BETA
キーワードSIGNALING PROTEIN / BETA BARREL / CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE / CAMP-BINDING / REGULATORY SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 ...PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / response to antipsychotic drug / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / dendritic shaft / learning / fatty acid metabolic process / modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic spine / postsynapse / protein domain specific binding / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Diller, T.C. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Molecular basis for regulatory subunit diversity in cAMP-dependent protein kinase: crystal structure of the type II beta regulatory subunit.
著者: Diller, T.C. / Madhusudan / Xuong, N.H. / Taylor, S.S.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2000
タイトル: Type II beta regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinase: purification strategies to optimize crystallization.
著者: Diller, T.C. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S.
履歴
登録1999年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REGULATORY SUBUNIT TYPE II BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8163
ポリマ－34,1581
非ポリマー6582
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.620, 161.620, 39.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REGULATORY SUBUNIT TYPE II BETA


分子量: 34157.719 Da / 分子数: 1 / 断片: CAMP BINDING DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: INVITROGEN PRSET B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12369
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
解説: PROTEIN RESIDUES PRECEDING ARG 130 AND POSTERIOR TO VAL 413 IN THE AMINO ACID SEQUENCE ARE NOT INCLUDED IN THIS MODEL. ADDITIONALLY, LOOP REGION CONSISTING OF RESIDUES 326 LYS THROUGH 333 GLU ...解説: PROTEIN RESIDUES PRECEDING ARG 130 AND POSTERIOR TO VAL 413 IN THE AMINO ACID SEQUENCE ARE NOT INCLUDED IN THIS MODEL. ADDITIONALLY, LOOP REGION CONSISTING OF RESIDUES 326 LYS THROUGH 333 GLU WERE NOT TRACED IN ELECTRON DENSITY MAPS: NO PEPTIDE BOND EXISTS BETWEEN ARG 325 AND ASN 334 IN THIS STRUCTURAL MODEL.
結晶化pH: 7.75 / 詳細: pH 7.75
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Diller, T.C., (2000) Protein Expression Purif., 20, 357.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
126 mg/mlprotein1drop
280 mMTris1reservoirpH7.75
329 %PEG34001reservoir
480 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 300.3 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→25 Å / Num. obs: 21965 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.182 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.56 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.94 / % possible all: 97.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 2.45→23 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY EXISTED IN MAPS TO INCLUDE RESIDUE RANGES 112- 128, 326-333 AND 413-416.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2186 9.955 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 21958 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.37 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.73 Å27.64 Å20 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----5.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 44 192 2399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 272 10.17 %
Rwork0.2461 2403 -
obs--97.95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CMP.PARAMCMP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 23 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.06
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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