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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cuq | ||||||
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タイトル | T4 LYSOZYME MUTANT V103M | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / METHIONINE CORE MUTANT / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Gassner, N.C. / Baase, W.A. / Lindstrom, J.D. / Lu, J. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding. 著者: Gassner, N.C. / Baase, W.A. / Lindstrom, J.D. / Lu, J. / Dahlquist, F.W. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: A Test of the "Jigsaw-Puzzle" Model for Protein Folding by Multiple Methionine Substitutions Within the Core of T4 Lysozyme 著者: Gassner, N.C. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ctwC ![]() 1cu0C ![]() 1cu2C ![]() 1cu3C ![]() 1cu5C ![]() 1cu6C ![]() 1cupC ![]() 1cv0C ![]() 1cv1C ![]() 1cv3C ![]() 1cv4C ![]() 1cv5C ![]() 1cv6C ![]() 1cvkC ![]() 1qsqC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18660.428 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, V103M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HED / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: NA2PO4, NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Eriksson, A.E., (1993) J.Mol.Biol., 229, 747. / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 16482 / Num. obs: 16482 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 54.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.3 |