+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cuk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ESCHERICHIA COLI RUVA PROTEIN AT PH 4.9 AND ROOM TEMPERATURE | ||||||
![]() | RUVA PROTEIN | ||||||
![]() | HELICASE / DNA REPAIR / SOS RESPONSE / DNA-BINDING / DNA RECOMBINATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / recombinational repair / SOS response / four-way junction DNA binding / response to radiation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rafferty, J.B. / Rice, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of DNA recombination protein RuvA and a model for its binding to the Holliday junction. 著者: Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Hargreaves, D. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Sharples, G.J. / Mahdi, A.A. / Lloyd, R.G. / Rice, D.W. #1: ![]() タイトル: Crystallization of E.Coli Ruva Gives Insights Into the Symmetry of a Holliday Junction/Protein Complex 著者: Sedelnikova, S.E. / Rafferty, J.B. / Hargreaves, D. / Mahdi, A.A. / Lloyd, R.G. / Rice, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 368.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 376.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22197.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Sedelnikova, S.E., (1999) Acta Crystallogr. D., 55, 263. PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月26日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 16391 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→15 Å / σ(F): 0 詳細: THE B-FACTORS FOR THE C-TERMINAL SEGMENT OF THE PROTEIN (RESIDUES 107 - 203) ARE HIGH WITH AN AVERAGE VALUE OF 73.6 A**2 OVER ALL ATOMS (71.0A**2 FOR MAIN CHAIN) AND THUS REPRESENT POSITIONAL ...詳細: THE B-FACTORS FOR THE C-TERMINAL SEGMENT OF THE PROTEIN (RESIDUES 107 - 203) ARE HIGH WITH AN AVERAGE VALUE OF 73.6 A**2 OVER ALL ATOMS (71.0A**2 FOR MAIN CHAIN) AND THUS REPRESENT POSITIONAL UNCERTAINTY OF APPROXIMATELY 1A IN SOME REGIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.008 / Weight: 5 |