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万見
- PDB-1csi: A very short hydrogen bond provides only moderate stabilization o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1csi
タイトルA very short hydrogen bond provides only moderate stabilization of an enzyme: inhibitor complex of citrate synthase
要素CITRATE SYNTHASE
キーワードLYASE(OXO-ACID)
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate (Si)-synthase / The tricarboxylic acid cycle / citrate synthase activity / citrate (Si)-synthase activity / citrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME *A / OXALOACETATE ION / Citrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Usher, K.C. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: A very short hydrogen bond provides only moderate stabilization of an enzyme-inhibitor complex of citrate synthase.
著者: Usher, K.C. / Remington, S.J. / Martin, D.P. / Drueckhammer, D.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Proposed Mechanism for the Condensation Reaction of Citrate Synthase. 1.9-Angstroms Structure of the Ternary Complex with Oxaloacetate and Carboxymethyl Coenzyme A
著者: Karpusas, M. / Branchaud, B. / Remington, S.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystal Structure Analysis and Molecular Model of a Complex of Citrate Synthase with Oxaloacetate and S-Acetonyl-Coenzyme A
著者: Wiegand, G. / Remington, S. / Deisenhofer, J. / Huber, R.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic Refinement and Atomic Models of Two Different Forms of Citrate Synthase at 2.7 And 1.7 Angstroms Resolution
著者: Remington, S. / Wiegand, G. / Huber, R.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Primary Structure of Porcine Heart Citrate Synthase
著者: Bloxham, D.P. / Parmelee, D.C. / Kumar, S. / Wade, R.D. / Ericsson, L.H. / Neurath, H. / Walsh, K.A. / Titani, K.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure Analysis of the Tetragonal Crystal Form and Preliminary Molecular Model of Pig-Heart Citrate Synthase
著者: Wiegand, G. / Kukla, D. / Scholze, H. / Jones, T.A. / Huber, R.
履歴
登録1994年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1003
ポリマ－48,1751
非ポリマー9252
水2,576143
1
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1996
ポリマ－96,3502
非ポリマー1,8494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13530 Å2
ΔGint-50.7 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.400, 78.500, 58.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 78.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE MOLECULE IS A DIMER, WITH ONE MONOMER OF MOLECULAR WEIGHT 50000 IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE SYMMETRY-RELATED MONOMER CAN BE GENERATED BY THE FOLLOWING CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD OPERATION, XS = - XO YS = YO ZS = - ZO WHERE (XO,YO,ZO) ARE THE COORDINATES IN THIS ENTRY AND (XS,YS,ZS) ARE THE SYMMETRY-RELATED SET.

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要素

#1: タンパク質 CITRATE SYNTHASE


分子量: 48174.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P23007, EC: 4.1.3.7
#2: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 化合物 ChemComp-CMX / CARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME *A / 4-[N-[(2R)-4-(3′-O-ホスホノ-5′-アデニリルオキシホスホニルオキシ)-2-ヒドロキシ-3,3-ジメ(以下略)


分子量: 793.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 mMenzyme1drop
20.5 Mcitrate1drop
35 mMoxaloacetate1drop
40.5 mMinhibitor1drop
50.9-1.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 38694 / Num. measured all: 110637 / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.7→25 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.156 38694
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3391 0 60 143 3594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.156
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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