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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cs1 | ||||||
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タイトル | CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE (CGS) FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE) | ||||||
キーワード | LYASE / LLP-DEPENDENT ENZYMES / METHIONINE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cystathionine gamma-synthase / cystathionine gamma-synthase activity (acts on O-phosphohomoserine) / carbon-sulfur lyase activity / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Clausen, T. / Messerschmidt, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of Escherichia coli cystathionine gamma-synthase at 1.5 A resolution. 著者: Clausen, T. / Huber, R. / Prade, L. / Wahl, M.C. / Messerschmidt, A. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997 タイトル: Cloning, Purification, Crystallization and Preliminary Xray-Diffraction Analysis of Cystathionine Gamma-Synthase from Escherichia Coli 著者: Wahl, M.C. / Huber, R. / Prade, L. / Marinkovic, S. / Messerschmidt, A. / Clausen, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cs1.cif.gz | 325.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cs1.ent.gz | 262.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cs1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cs1_validation.pdf.gz | 470 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cs1_full_validation.pdf.gz | 506.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cs1_validation.xml.gz | 72.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cs1_validation.cif.gz | 103.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1cs1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1cs1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1cl1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41825.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PLP BOUND AS COFACTOR TO LYS 198 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / 遺伝子: METB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P00935, EC: 4.2.99.9 #2: 化合物 | ChemComp-DHD / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.45 / 詳細: 17% PEG400, 10% MPD, 0.1 M MES/NAOH (PH 7.45) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Wahl, M.C., (1997) FEBS Lett., 414, 492. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→8 Å / Num. obs: 200884 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 70.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.1 % / Num. unique obs: 16087 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CL1 解像度: 1.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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