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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cqx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution | ||||||
要素 | FLAVOHEMOPROTEIN | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / GLOBIN FOLD / SIX-STRANDED ANTIPARALLEL BETA SHEET / HELIX-FLANKED FIVE-STRANDED PARALLEL BETA SHEET | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide dioxygenase / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cupriavidus necator (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Ermler, U. / Siddiqui, R.A. / Cramm, R. / Friedrich, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution. 著者: Ermler, U. / Siddiqui, R.A. / Cramm, R. / Friedrich, B. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999 タイトル: Phospholipid bound to the flavohemoprotein from alcaligenes eutrophus 著者: Ollesch, G. / Kaunzinger, A. / Juchelka, D. / Schubert-Zsilavecz, M. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cqx.cif.gz | 191 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cqx.ent.gz | 150 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cqx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cqx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44845.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cupriavidus necator (バクテリア) キーワード: COMPLEXED WITH HEME, FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE AND PHOSPHO LIPID 参照: UniProt: P39662 |
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-非ポリマー , 5種, 588分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: protein solution: TRIS, potassium chloride, DTT, plus precipitant; precipitant: PEG 3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 196672 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Num. unique all: 8118 / % possible all: 62.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 62.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 29433623.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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