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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cqv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 AT 100K CRYSTALLIZED AT PH 5.0 | ||||||
![]() | PROTEIN (STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2) | ||||||
![]() | TOXIN / ENTEROTOXIN / SUPERANTIGEN / ZINC BINDING / IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of staphylococcal enterotoxin C2 at various pH levels. 著者: Kumaran, D. / Eswaramoorthy, S. / Furey, W. / Sax, M. / Swaminathan, S. #1: ![]() タイトル: Residues Defining V-Beta Specificity in Staphylococcal Enterotoxins 著者: Swaminathan, S. / Furey, W. / Pletcher, J. / Sax, M. #2: ![]() タイトル: Preliminary X-Ray Studies on Two New Crystal Forms of Staphylococcal Enterotoxin C2 著者: Swaminathan, S. / Furey, W. / Pletcher, J. / Sax, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27622.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P34071 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES 1,56,57,59,97,98,237 WERE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP BEYOND CB ATOM |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 8000, 0.2M MAGNESIUM ACETATE, 0.1M CACODYLATE AT PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1997年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 16187 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 33.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.042 / % possible all: 45 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.06 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 82018 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48 % / Rmerge(I) obs: 0.05 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMEN 開始モデル: 1SE2 解像度: 2.06→12.5 Å / SU B: 5.858 / SU ML: 0.153 / σ(F): 2 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.216
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→12.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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