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- PDB-1cql: NMR STRUCTURE OF SRP RNA DOMAIN IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cql
タイトルNMR STRUCTURE OF SRP RNA DOMAIN IV
要素SRP DOMAIN IV RNA
キーワードRNA / SRP / RNA STRUCTURE / DOMAIN IV / SIGNAL SEQUENCE RECOGNITION / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS COMPLETE RELAXATION MATRIX ANALYSIS
データ登録者Schmitz, U. / James, T.L.
引用ジャーナル: RNA / 年: 1999
タイトル: Structure of the phylogenetically most conserved domain of SRP RNA.
著者: Schmitz, U. / Behrens, S. / Freymann, D.M. / Keenan, R.J. / Lukavsky, P. / Walter, P. / James, T.L.
履歴
登録1999年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRP DOMAIN IV RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9631
ポリマ－13,9631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations in the crucial areas ot the molecule
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 SRP DOMAIN IV RNA


分子量: 13963.401 Da / 分子数: 1 / 断片: MODIFIED E. COLI SEQUENCE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131DQF-COSY
141TOCSY
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D (H)CCH-COSY
NMR実験の詳細Text: G- AND A-SINGLE NUCLEOTIDE ISOTOPE LABELED SAMPLES WERE USED BESIDES A UNIFORMLY LABELED RNA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.25 - 1.2 mM RNA 10 mM potassium phoshpate 10 mM magnesium chloride pH 6.5D2O
20.25 mM RNA 10 mM potassium phoshpate 10 mM magnesium chloride pH 6.590% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.5ambient 288 K
26.5ambient 303 K
36.5ambient 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky92D.Kneller, T.Goddard構造決定
MARDIGRAS92He Liu, B.Borgias, M.Tonelli構造決定
DYANA1.4P. Guentert精密化
Amber4.1D.A. Pearlman et al.構造決定
Curves3R. Lavery構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS COMPLETE RELAXATION MATRIX ANALYSIS
ソフトェア番号: 1 / 詳細: 16.4 DISTANCE RESTRAINTS/RESIDUE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations in the crucial areas ot the molecule
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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