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- PDB-1cq9: PEANUT LECTIN-TRICLINIC FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cq9
タイトルPEANUT LECTIN-TRICLINIC FORM
要素PROTEIN (PEANUT LECTIN)
キーワードLECTIN / LEGUME LECTIN / OPEN QUATERNARY STRUCTURE / TRICLINIC FORM / ACIDIC PH
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Galactose-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of the peanut lectin-lactose complex at acidic pH: retention of unusual quaternary structure, empty and carbohydrate bound combining sites, molecular mimicry and ...タイトル: Crystal structures of the peanut lectin-lactose complex at acidic pH: retention of unusual quaternary structure, empty and carbohydrate bound combining sites, molecular mimicry and crystal packing directed by interactions at the combining site.
著者: Ravishankar, R. / Thomas, C.J. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structures of the Complexes of Peanut Lectin with Methyl-Beta-Galactose and N- Acetyllactosamine and a Comparative Study of Carbohydrate Binding in Gal/ Galnac-Specific Legume Lectins
著者: Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 1997
タイトル: The Specificity of Peanut Agglutinin for Thomsen-Friedenreich Antigen is Mediated by Water-Bridges
著者: Ravishankar, R. / Ravindran, M. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Conformation, Protein-Carbohydrate Interactions and a Novel Subunit Association in the Refined Structure of Peanut Lectin-Lactose Complex
著者: Banerjee, R. / Das, K. / Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Peanut Lectin, a Protein with an Unusual Quaternary Structure
著者: Banerjee, R. / Mande, S.C. / Ganesh, V. / Das, K. / Dhanaraj, V. / Mahanta, S.K. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録1999年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PEANUT LECTIN)
B: PROTEIN (PEANUT LECTIN)
C: PROTEIN (PEANUT LECTIN)
D: PROTEIN (PEANUT LECTIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,21612
ポリマ－100,8364
非ポリマー3808
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.64, 71.79, 86.42
Angle α, β, γ (deg.)65.35, 77.66, 72.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (PEANUT LECTIN) / PEANUT AGGLUTININ


分子量: 25208.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: P02872
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: microdialysis / 詳細: Salunke, D.M., (1983) FEBS Lett., 156, 127.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlprotein1drop
240 %(w/v)PEG60001drop
30.2 M1reservoirNaCl
40.05 Msodium acetate1reservoir
51.5 mMlactose1reservoir
6phosphate1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→28.7 Å / Num. obs: 18342 / % possible obs: 82.32 % / 冗長度: 1.39 % / Rmerge(I) obs: 0.1572 / Net I/σ(I): 2.53
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 11935 / % possible obs: 84.3 % / Num. measured all: 16538 / Rmerge(I) obs: 0.157
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.4 % / Rmerge(I) obs: 0.301

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PEL WITHOUT SUGAR AND WATER

2pel


解像度: 3.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THERE IS A TETRAMER IN THE UNIT CELL WITHOUT 222 OR FOUR-FOLD SYMMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 583 10.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 5778 43.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.37 Å
Luzzati d res low-10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6972 0 8 0 6980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.95
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAIN
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 49 9.4 %
Rwork0.237 470 -
obs--23.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WAT.PARWAT.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM1.CHOTOPH1.CHO
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.95
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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