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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cp7 | ||||||
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タイトル | AMINOPEPTIDASE FROM STREPTOMYCES GRISEUS | ||||||
要素 | AMINOPEPTIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / AMINOPEPTIDASE / ZYMOGEN / ZINC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminopeptidase S / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Perach, M. / Spungin-Bialik, A. / Lessel, U. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Interactions of Streptomyces griseus aminopeptidase with a methionine product analogue: a structural study at 1.53 A resolution. 著者: Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Perach, M. / Spungin-Bialik, A. / Lessel, U. / Wohlfahrt, G. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Inhibition of Streptomyces Griseus Aminopeptidase and Effects of Calcium Ions on Catalysis and Binding Comparisons with the Homologous Enzyme Aeromonas Proteolytica Aminopeptidasea 著者: Papir, G. / Spungin-Bialik, A. / Ben-Meir, D. / Fudim, E. / Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Shoham, G. / Lessel, U. / Schomburg, D. / Ashkenazi, R. / Blumberg, S. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Streptomyces Griseus Aminopeptidase:X-Ray Crystallographic Structure at 1.75A Resolution 著者: Greenblatt, H.M. / Almog, O. / Maras, B. / Spungin-Bialik, A. / Barra, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. #3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996 タイトル: Aminopeptidase from S. Griseus: Primary Structure and Comparison with Other Zinc-Containing Aminopeptidases 著者: Maras, B. / Greenblatt, H.M. / Shoham, G. / Spungin-Bialik, A. / Blumberg, S. / Barra, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cp7.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cp7.ent.gz | 51.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cp7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cp7_validation.pdf.gz | 355.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cp7_full_validation.pdf.gz | 355.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cp7_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cp7_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/1cp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/1cp7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29750.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE ENZYME IS ISOLATED FROM COMMERCIALLY AVAILABLE ENZYME MIXTURE "PRONASE E" 由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 参照: UniProt: P80561, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 16% PEG 4K, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Greenblatt, H.M., (1997) J.Mol.Biol., 265, 620. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.083 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月26日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.083 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→32 Å / Num. obs: 37375 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / % possible all: 63.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 94 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB ENTERY 1XJO 解像度: 1.58→32 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high rms absF: 1998230.6 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.22 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.202 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.171 |