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- PDB-1co0: NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-MTR OPERATOR DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1co0
タイトルNMR STUDY OF TRP REPRESSOR-MTR OPERATOR DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*A)-3'
  • TRP OPERON REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / REPRESSOR / DNA-BINDING / TRP / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / DNA / DNA (> 10) / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Zhou, G.P. / Brocchieri, L. / Jardetzky, O.
引用
ジャーナル: Structures and Mechanisms, ACS Symposium Series
年: 2002
タイトル: Allostery and Induced Fit, NMR and Molecular Modeling Study of the trp-repressor - mtr DNA complex
著者: Brocchieri, L. / Zhou, G.P. / Jardetzky, O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The Solution Structures of the Trp Repressor-Operator DNA Complex
著者: Zhang, H. / Zhao, D. / Revington, M. / Lee, W. / Jia, X. / Arrowsmith, C. / Jardetzky, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Solution Structures of the Escherichia Coli Trp Holo-and Aporepressor
著者: Zhao, D. / Arrowsmith, C.H. / Jia, X. / Jardetzky, O.
履歴
登録1999年5月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*A)-3'
A: TRP OPERON REPRESSOR
B: TRP OPERON REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1536
ポリマ－36,7454
非ポリマー4082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 30LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*A)-3'


分子量: 6139.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRP OPERON SEQUENCE FROM ESCHERICHIA COLI
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*A)-3'


分子量: 6126.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRP OPERON SEQUENCE FROM ESCHERICHIA COLI
#3: タンパク質 TRP OPERON REPRESSOR


分子量: 12238.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CY15070,CY17071 / 参照: UniProt: P0A881
#4: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 5.7 / Temperature units: K

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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