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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ch5 | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN H97V MUTANT (MET) | ||||||
![]() | PROTEIN (MYOGLOBIN) | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN TRANSPORT / HEME / MUSCLE PROTEIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Liong, E.C. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Waterproofing the heme pocket. Role of proximal amino acid side chains in preventing hemin loss from myoglobin. 著者: Liong, E.C. / Dou, Y. / Scott, E.E. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ch1C ![]() 1ch2C ![]() 1ch3C ![]() 1ch7C ![]() 1ch9C ![]() 1cikC ![]() 1cioC ![]() 1co8C ![]() 1co9C ![]() 1cp0C ![]() 1cp5C ![]() 1cpwC ![]() 1dtiC ![]() 1mbw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17326.148 Da / 分子数: 1 / 変異: INITIATOR MET, H97V, D122N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: 2.6-3.0 M (NH4)2SO4, 20 MM TRIS, 1 MM EDTA, PH 9.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 9 / PH range high: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 13521 / Num. obs: 13521 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.106 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 70094 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB ENTRY 1MBW ![]() 1mbw 解像度: 2.1→5 Å / Num. parameters: 5469 / Num. restraintsaints: 5457 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1344.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.206 / Rfactor Rwork: 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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