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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cgc | ||||||||||||||||||
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タイトル | DOUBLE HELIX CONFORMATION GROOVE DIMENSIONS AND LIGAND BINDING POTENTIAL OF A G/C-STRETCH IN B-DNA | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | データ登録者 | Heinemann, U. / Bansal, M. | 引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1992 タイトル: Double helix conformation, groove dimensions and ligand binding potential of a G/C stretch in B-DNA. 著者: Heinemann, U. / Alings, C. / Bansal, M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: C-C-A-G-G-C-m5C-T-G-C: Helical Fine Structure, Hydration, and Comparison with C-C-A-G-G-C-C-T-G-G 著者: Heinemann, U. / Hahn, M. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: The Conformation of a B-DNA Decamer Is Mainly Determined by Its Sequence and Not by Crystal Environment 著者: Heinemann, U. / Alings, C. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystallographic Study of One Turn of G/C-Rich B-DNA 著者: Heinemann, U. / Alings, C. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cgc.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cgc.ent.gz | 13.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cgc_validation.pdf.gz | 369.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cgc_full_validation.pdf.gz | 380.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cgc_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cgc_validation.cif.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3046.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, MICRODIALYSIS, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 3078 / Num. obs: 2086 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 68 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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