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万見
- PDB-1cf5: BETA-MOMORCHARIN STRUCTURE AT 2.55 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cf5
タイトルBETA-MOMORCHARIN STRUCTURE AT 2.55 A
要素PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)
キーワードRIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / RNA N-GLYCOSIDASE ACTIVITY / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-inactivating protein beta-momorcharin / Ribosome-inactivating protein momordin II
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica charantia (ゴーヤ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Yuan, Y.-R. / He, Y.-N. / Xiong, J.-P. / Xia, Z.-X.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structure of beta-momorcharin at 2.55 A resolution.
著者: Yuan, Y.R. / He, Y.N. / Xiong, J.P. / Xia, Z.X.
#1: ジャーナル: Chin.Chem.Lett. / 年: 1995
タイトル: The Determination and Refinement of Three-Dimensional Structure of Beta- Momorcharin at 2.4 A Resolution
著者: Yuan, Y.-R. / Xiong, J.-P. / Xia, Z.-X.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic study of beta-momorcharin.
著者: Xiong, J.P. / Xia, Z.X. / Zhang, L. / Ye, G.J. / Jin, S.W. / Wang, Y.
履歴
登録1999年3月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年11月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _citation.page_last ..._chem_comp.type / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)
B: PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3004
ポリマ－56,2462
非ポリマー2,0542
水1,22568
1
A: PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1502
ポリマ－28,1231
非ポリマー1,0271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1502
ポリマ－28,1231
非ポリマー1,0271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.090, 50.580, 61.120
Angle α, β, γ (deg.)72.98, 78.39, 76.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)


分子量: 28122.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P29339, UniProt: P24817*PLUS
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1026.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-2[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a212h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-5/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-6-deoxy-Altp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Xylp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化pH: 6.1 / 詳細: pH 6.10
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 %(w/v)PEG80001drop
20.1 Mphosphate1drop
31.5 %(w/v)protein1drop
428 %(w/v)PEG80001reservoir
50.2 Mphosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→40 Å / Num. obs: 17215 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.41→2.56 Å / % possible all: 30
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 30 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MERLOT位相決定
X-PLOR3.1精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / 交差検証法: IN THE LATE STAGE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 697 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 13774 79.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3982 0 138 68 4188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.66
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 70 6.2 %
Rwork0.268 1125 -
obs--51.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: A
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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