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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cer | ||||||
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タイトル | DETERMINANTS OF ENZYME THERMOSTABILITY OBSERVED IN THE MOLECULAR STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (ALDEHYDE(D)-NAD(A)) / GLYCOLYSIS / OXIDOREDUCTASE / NAD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Tanner, J.J. / Hecht, R.M. / Krause, K.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Determinants of enzyme thermostability observed in the molecular structure of Thermus aquaticus D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase at 25 Angstroms Resolution. 著者: Tanner, J.J. / Hecht, R.M. / Krause, K.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from the Extreme Thermophile Thermus Aquaticus 著者: Tanner, J. / Hecht, R.M. / Pisegna, M. / Seth, D.M. / Krause, K.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cer.cif.gz | 489.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cer.ent.gz | 407 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cer.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cer_validation.pdf.gz | 952.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cer_full_validation.pdf.gz | 1016.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cer_validation.xml.gz | 61.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cer_validation.cif.gz | 86 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1cer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1cer | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9965, 0.03559, 0.07567), ベクター: 詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THAT GENERATES THE SECOND TETRAMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. THIS APPROXIMATE TWO-FOLD ROTATION AROUND Z THAT GENERATES THE SECOND OF TWO TETRAMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. NOTE THAT THIS ENTRY CONTAINS ONLY ONE TETRAMER. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35941.273 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: THERMUS AQUATICUS GAPDH / プラスミド: PBR322 / 遺伝子 (発現宿主): THERMUS AQUATICUS GAPDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3CG 参照: UniProt: P00361, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 81628 / % possible obs: 72 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0565 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 267328 / Rmerge(I) obs: 0.0565 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 30 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→12 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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