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- PDB-1cer: DETERMINANTS OF ENZYME THERMOSTABILITY OBSERVED IN THE MOLECULAR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cer
タイトルDETERMINANTS OF ENZYME THERMOSTABILITY OBSERVED IN THE MOLECULAR STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (ALDEHYDE(D)-NAD(A)) / GLYCOLYSIS / OXIDOREDUCTASE / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Hecht, R.M. / Krause, K.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Determinants of enzyme thermostability observed in the molecular structure of Thermus aquaticus D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase at 25 Angstroms Resolution.
著者: Tanner, J.J. / Hecht, R.M. / Krause, K.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from the Extreme Thermophile Thermus Aquaticus
著者: Tanner, J. / Hecht, R.M. / Pisegna, M. / Seth, D.M. / Krause, K.L.
履歴
登録1995年11月11日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
P: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
Q: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
R: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
A: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
C: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
D: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,83816
ポリマ－287,5308
非ポリマー5,3078
水00
1
O: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
P: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
Q: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
R: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4198
ポリマ－143,7654
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20440 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area41770 Å2
手法PISA
2
A: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
C: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
D: HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4198
ポリマ－143,7654
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20460 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area41760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.770, 148.770, 149.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9965, 0.03559, 0.07567), (-0.02517, -0.9906, 0.13447), (0.07975, 0.13209, 0.98802)
ベクター: 66.57403, 73.2293, -7.52999)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THAT GENERATES THE SECOND TETRAMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. THIS APPROXIMATE TWO-FOLD ROTATION AROUND Z THAT GENERATES THE SECOND OF TWO TETRAMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. NOTE THAT THIS ENTRY CONTAINS ONLY ONE TETRAMER.

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要素

#1: タンパク質
HOLO-D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / GAPDH


分子量: 35941.273 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: THERMUS AQUATICUS GAPDH / プラスミド: PBR322 / 遺伝子 (発現宿主): THERMUS AQUATICUS GAPDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3CG
参照: UniProt: P00361, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlenzyme1drop
250 mM1dropNaCl
30.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
40.5 mMEDTA1drop
51 mMNAD1drop
61.25 mMTris-HCl1drop
77.5 %isopropanol1drop
810-12 %PEG30001drop
90.05 MHEPES1drop
1015 %isopropanol1reservoir
1120-24 %PEG30001reservoir
120.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 81628 / % possible obs: 72 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0565
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 267328 / Rmerge(I) obs: 0.0565
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 30 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.5→12 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.205 --
obs0.205 80657 72 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19874 0 352 0 20226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.28
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.32
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.95
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it11
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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