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万見
- PDB-1cek: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE MEMBRANE-EMBEDDED M2 CHANNEL-L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cek
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE MEMBRANE-EMBEDDED M2 CHANNEL-LINING SEGMENT FROM THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR BY SOLID-STATE NMR SPECTROSCOPY
要素PROTEIN (ACETYLCHOLINE RECEPTOR M2)
キーワードACETYLCHOLINE RECEPTOR / M2 / LIPID BILAYERS / ION-CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated monoatomic ion channel activity / postsynaptic specialization membrane ...Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated monoatomic ion channel activity / postsynaptic specialization membrane / monoatomic cation transport / membrane depolarization / skeletal muscle contraction / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuromuscular junction / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / neuron projection / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法個体NMR / ORIENTATIONAL CONSTRAINTS
データ登録者Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Kim, Y. / Valente, A.P. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. / Opella, S.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structures of the M2 channel-lining segments from nicotinic acetylcholine and NMDA receptors by NMR spectroscopy.
著者: Opella, S.J. / Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Valente, A.P. / Kim, Y. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Dilute Spin-Exchange Assignment of Solid-State NMR Spectra of Oriented Proteins: Acetylcholine Receptor M2 Peptide in Bilayers
著者: Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Valente, A.P. / Kim, Y. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. / Opella, S.J.
履歴
登録1999年3月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ACETYLCHOLINE RECEPTOR M2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6661
ポリマ－2,6661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 24LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (ACETYLCHOLINE RECEPTOR M2) / ACHR M2


分子量: 2666.143 Da / 分子数: 1 / 断片: M2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: NEURON / 細胞内の位置: POST-SYNAPTIC MEMBRANE / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX FUSION / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25110

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N SHIFT/1H-15N DIPOLAR COUPLING PISEMA
12115N SHIFT/15N SHIFT HETCOR
1311H SHIFT/15N SHIFT/1H-15N DIPOLAR COUPLING CORRELATION
NMR実験の詳細Text: LOWEST ENERGY. SAMPLE: DMPC BILAYERS ORIENTED ON GLASS SLIDES 15N CHEMICAL SHIFT, 1H CHEMICAL SHIFT AND 1H-15N DIPOLAR COUPLING FREQUENCIES WERE MEASURED FROM PISEMA AND

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試料調製

詳細内容: DMPC
試料状態pH: 6 / 温度: 295 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home-built HOMEBUILTHome-builtHOMEBUILT4001
CHEMAGNETICS CMX400CHEMAGNETICSCMX4005502

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解析

NMR software
名称分類
FISI構造決定
BACKTOR構造決定
RESTRICT構造決定
RESTRICT精密化
精密化手法: ORIENTATIONAL CONSTRAINTS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 24 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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