[日本語] English
万見
- PDB-1cdt: CARDIOTOXIN V4/II FROM NAJA MOSSAMBICA MOSSAMBICA: THE REFINED CR... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cdt
タイトルCARDIOTOXIN V4/II FROM NAJA MOSSAMBICA MOSSAMBICA: THE REFINED CRYSTAL STRUCTURE
要素CARDIOTOXIN VII4
キーワードCYTOTOXIN (細胞毒性)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / other organism cell membrane / : / toxin activity / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / CD59 / CD59 / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Cytotoxin 4
類似検索 - 構成要素
生物種Naja mossambica (コブラ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rees, B. / Bilwes, A. / Samama, J.P. / Moras, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Cardiotoxin VII4 from Naja mossambica mossambica. The refined crystal structure.
著者: Rees, B. / Bilwes, A. / Samama, J.P. / Moras, D.
履歴
登録1990年5月17日処理サイト: BNL
改定 1.01991年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CARDIOTOXIN VII4
B: CARDIOTOXIN VII4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6454
ポリマ－13,4552
非ポリマー1902
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.900, 73.900, 59.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Atom site foot note1: SOLVENT OCCUPANCIES WERE REFINED WITHOUT SETTING AN UPPER BOUND. VALUES LARGE THAN 1.0 ARE INDICATIVE OF THE INTRINSIC INACCURACY OF THIS PARAMETER AND OF ITS LARGE CORRELATION WITH THE TEMPERATURE FACTOR.

-
要素

#1: タンパク質 CARDIOTOXIN VII4


分子量: 6727.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja mossambica (コブラ) / 参照: UniProt: P01452
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.39 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2potassium phosphate11

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→5 Å
詳細: SOLVENT OCCUPANCIES WERE REFINED WITHOUT SETTING AN UPPER BOUND. VALUES LARGE THAN 1.0 ARE INDICATIVE OF THE INTRINSIC INACCURACY OF THIS PARAMETER AND OF ITS LARGE CORRELATION WITH THE TEMPERATURE FACTOR.
Rfactor反射数
obs0.197 4002
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数920 0 10 48 978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.4
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 4002 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d0.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る