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- PDB-1cd1: CD1(MOUSE) ANTIGEN PRESENTING MOLECULE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cd1
タイトルCD1(MOUSE) ANTIGEN PRESENTING MOLECULE
要素(CD1) x 2
キーワードCD1 / IMMUNOLOGY / MHC / TCR / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN FOLD / T-CELL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation / positive thymic T cell selection / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / late endosome / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / lysosome / early endosome / learning or memory / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Zeng, Z.H. / Segelke, B.W. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of mouse CD1: An MHC-like fold with a large hydrophobic binding groove.
著者: Zeng, Z. / Castano, A.R. / Segelke, B.W. / Stura, E.A. / Peterson, P.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録1997年4月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD1
B: CD1
C: CD1
D: CD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4574
ポリマ－95,4574
非ポリマー00
水00
1
A: CD1
B: CD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7282
ポリマ－47,7282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2
C: CD1
D: CD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7282
ポリマ－47,7282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.340, 76.200, 103.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999868, -0.015556, -0.004795), (-0.015976, 0.994259, 0.105805), (0.003121, 0.105868, -0.994375)5.85139, -5.49172, 105.15204
2given(-0.999964, -0.007846, 0.003296), (-0.007356, 0.991654, 0.128721), (-0.004279, 0.128692, -0.991675)5.34525, -7.239, 105.30692

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要素

#1: タンパク質 CD1 / MCD1D.1


分子量: 36023.934 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3, BETA2-MICROGLOBULIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / Cell: CORTICAL THYMOCYTES, DENDRITIC CELLS / 細胞株: SC2 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 遺伝子: CD1.1 / プラスミド: PRMHA-3 / 遺伝子 (発現宿主): CD1.1
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 CD1 / MCD1D.1


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3, BETA2-MICROGLOBULIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / Cell: CORTICAL THYMOCYTES, DENDRITIC CELLS / 細胞株: SC2 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 遺伝子: CD1.1 / プラスミド: PRMHA-3 / 遺伝子 (発現宿主): CD1.1
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01887

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6 MG/ML PROTEIN 2.0M (NH4)2SO4 100 MM SODIUM CACODYLATE, 20MM EDTA, PH 6.5 5 UL PROTEIN + 2.5 UL RESERVOIR SITTING DROP, vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlmCD1d111
22.0 Mammonium sulfate12
30.15 Msodium citrate12
42 mM12ZnSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ELLIOT / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年9月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.557→46.142 Å / Num. obs: 22974 / % possible obs: 75.01 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.93 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 7.795
反射 シェル解像度: 2.557→2.661 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 21
反射
*PLUS
Num. measured all: 57464 / Rmerge(I) obs: 0.095

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FCRN, HLA-B27

解像度: 2.67→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.0072 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: POST REFINEMENT / σ(F): 1.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 2177 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 19916 83.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.27 Å
Luzzati d res low-10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6026 0 0 0 6026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.95
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.79 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 216 10.4 %
Rwork0.26 1850 -
obs--42.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.33
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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