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万見
- PDB-1cbj: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE SUPEROXIDE DISMUTASE CRYSTAL. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cbj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE SUPEROXIDE DISMUTASE CRYSTAL.
要素PROTEIN (SUPEROXIDE DISMUTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / CUZN SUPEROXIDE DISMUTASE / FUNCTIONAL ASYMMETRY / DISORDER
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / positive regulation of catalytic activity / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization ...Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / positive regulation of catalytic activity / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ovarian follicle development / dendrite cytoplasm / embryo implantation / glutathione metabolic process / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / regulation of blood pressure / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / peroxisome / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to ethanol / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of MAPK cascade / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hough, M.A. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystallographic structures of bovine copper-zinc superoxide dismutase reveal asymmetry in two subunits: functionally important three and five coordinate copper sites captured in the same crystal.
著者: Hough, M.A. / Hasnain, S.S.
履歴
登録1999年2月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SUPEROXIDE DISMUTASE)
B: PROTEIN (SUPEROXIDE DISMUTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4056
ポリマ－31,1472
非ポリマー2584
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.770, 51.130, 147.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SUPEROXIDE DISMUTASE)


分子量: 15573.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ONE COPPER(II) SITE, ONE CU(I) SITE. / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: ERYTHROCYTES / 参照: UniProt: P00442, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細REDUCED COPPER OXIDIZED COPPER ZINC SITE ZINC SITE SUBUNIT A CONTAINS A THREE COORDINATE, CU(I) ...REDUCED COPPER OXIDIZED COPPER ZINC SITE ZINC SITE SUBUNIT A CONTAINS A THREE COORDINATE, CU(I) SITE. SUBUNIT B CONTAINS A FIVE COORDINATE, CU(II) SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NACL11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID
1PEG40001reservoir
2sodium chloride1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→15 Å / Num. obs: 39196 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 68.2
反射
*PLUS
% possible obs: 89.1 % / Num. measured all: 172498
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.2 % / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1COB

1cob


解像度: 1.65→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: XPLOR SIMULATED ANNEALING ALSO USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1195 3 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 44556 90 %-
all-44556 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 4 232 2402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.4222
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.1433
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2692
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.5453
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1080.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor37.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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