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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c53 | ||||||
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タイトル | S-CLASS CYTOCHROMES C HAVE A VARIETY OF FOLDING PATTERNS: STRUCTURE OF CYTOCHROME C-553 FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS DETERMINED BY THE MULTI-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION METHOD | ||||||
要素 | CYTOCHROME C553 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nakagawa, A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. / Katsube, Y. / Yaga, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1990 タイトル: S-class cytochromes c have a variety of folding patterns: structure of cytochrome c-553 from Desulfovibrio vulgaris determined by the multi-wavelength anomalous dispersion method. 著者: Nakagawa, A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. / Katsube, Y. / Yagi, T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1990 タイトル: Structure Determination of Cytochrome C-553 from Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki F Determined by the Multi-Wavelength Anomalous Dispersion Method 著者: Nakagawa, A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. / Katsube, Y. / Yagi, T. #2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1986 タイトル: Crystallographic Study of Cytochrome C553 from Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki 著者: Nakagawa, A. / Nagashima, E. / Higuchi, Y. / Kusunoki, M. / Matsuura, Y. / Yasuoka, N. / Katsube, Y. / Chihara, H. / Yagi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c53.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c53.ent.gz | 6.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c53 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8411.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Miyazaki / 参照: UniProt: P00120 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis詳細: referred to 'Nakagawa, A.', (1986) J.Biochem.(Tokyo), 99, 605-606 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 8855 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.35 |