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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c48 | ||||||
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タイトル | MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (G62T) | ||||||
要素 | PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT) | ||||||
キーワード | TOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phage h30 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ling, H. / Bast, D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Identification of the Primary Receptor Binding Site of Shiga-Like Toxin B Subunits: Structures of Mutated Shiga-Like Toxin I B-Pentamer with and without Bound Carbohydrate 著者: Ling, H. / Bast, D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure of the Shiga-Like Toxin I B-Pentamer Complexed with an Analogue of its Receptor Gb3 著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c48.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c48.ent.gz | 67.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c48_validation.pdf.gz | 452.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c48_full_validation.pdf.gz | 460.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c48_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c48_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/1c48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/1c48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7742.686 Da / 分子数: 5 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 変異: G62T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage h30 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69178 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 % |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.978 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1998年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→55 Å / Num. obs: 41266 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BOS 解像度: 1.6→55 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 47.07 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→55 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.65 Å / Total num. of bins used: 23
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Xplor file |
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