[日本語] English
万見
- PDB-1c3o: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SU... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c3o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT MUTANT C269S WITH BOUND GLUTAMINE
要素(CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: ...) x 2
キーワードLIGASE / AMIDOTRANSFERASE / MICHAELIS COMPLEX / ATP-GRASP
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process ...carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process / amino acid binding / amino acid biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit ...Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glucose Oxidase; domain 1 / Rossmann fold - #20 / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GLUTAMINE / : / : / TETRAETHYLAMMONIUM ION / L-ornithine / PHOSPHATE ION / Carbamoyl-phosphate synthase small chain / Carbamoyl phosphate synthase large chain / Carbamoyl phosphate synthase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The small subunit of carbamoyl phosphate synthetase: snapshots along the reaction pathway.
著者: Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
履歴
登録1999年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
B: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
C: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
D: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
E: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
F: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
G: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
H: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)646,37997
ポリマ－637,7908
非ポリマー8,58989
水66,0433666
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.500, 164.400, 332.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT


分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Bacteria (unknown)
参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT


分子量: 41465.816 Da / 分子数: 4 / Mutation: C269S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Bacteria (unknown)
参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)

-
非ポリマー , 9種, 3755分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#9: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#10: 化合物
ChemComp-NET / TETRAETHYLAMMONIUM ION / テトラエチルアンモニウム


分子量: 130.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 278 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.4
詳細: PEG-8000, MANGANESE CHLORIDE, TETRAETHYLAMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, BERYLLIUM FLUORIDE, ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE,L-ORNITHINE, L-GLUTAMINE, HEPPS, pH 7.4, BATCH, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 %PEG800011
20.65 Mtetraethylammonium chloride11
30.5 mM11MnCl2
4100 mM11KCl
51.5 mMADP11
61.5 mM11BeF3
70.5 mML-ornithine11
825 mMHEPPS11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.7005
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 476527 / Num. obs: 476527 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 2532077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Num. unique obs: 47060 / Num. measured obs: 201948 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 49936 -RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.189 476527 --
obs0.189 476527 98.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44220 0 453 3666 48339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor all: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.011

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る