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万見
- PDB-1c25: HUMAN CDC25A CATALYTIC DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c25
タイトルHUMAN CDC25A CATALYTIC DOMAIN
要素CDC25A
キーワードHYDROLASE / CELL CYCLE PHOSPHATASE / DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE / CDK2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / positive regulation of DNA replication / G1/S transition of mitotic cell cycle / response to radiation / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / cell population proliferation / Ub-specific processing proteases / cell division / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
M-phase inducer phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fauman, E.B. / Cogswell, J.P. / Lovejoy, B. / Rocque, W.J. / Holmes, W. / Montana, V.G. / Piwnica-Worms, H. / Rink, M.J. / Saper, M.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of the human cell cycle control phosphatase, Cdc25A.
著者: Fauman, E.B. / Cogswell, J.P. / Lovejoy, B. / Rocque, W.J. / Holmes, W. / Montana, V.G. / Piwnica-Worms, H. / Rink, M.J. / Saper, M.A.
履歴
登録1998年4月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDC25A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0111
ポリマ－19,0111
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.507, 43.507, 117.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 CDC25A / M-PHASE INDUCER PHOSPHATASE 1


分子量: 19010.982 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: INS(M335) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CDC25A / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P30304, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ML IN 200 MM NACL, 1 MM DTT, 20 MM HEPES, PH 7.4) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (18-20% PEG 3350, 0.025% BETA-OCTYLGLUCOSIDE, 0.11 M SODIUM CITRATE, PH 5.8)
PH範囲: 5.8-7.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2200 mM1dropNaCl
31 mMdithiothreitol1drop
420 mMHEPES1drop
518-20 %PEG33501reservoir
60.025 %beta-octylglucoside1reservoir
70.11 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 12551 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 39374
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→99 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 467 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 9429 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1329 0 0 82 1411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.92
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.107 / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 16 5 %
Rwork0.339 290 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATPARAM11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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