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万見
- PDB-1c1g: CRYSTAL STRUCTURE OF TROPOMYOSIN AT 7 ANGSTROMS RESOLUTION IN THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c1g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TROPOMYOSIN AT 7 ANGSTROMS RESOLUTION IN THE SPERMINE-INDUCED CRYSTAL FORM
要素TROPOMYOSIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / TROPOMYOSIN COILED-COIL ALPHA-HELICAL
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac muscle contraction / actin filament / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tropomyosins signature. / Tropomyosin / Tropomyosin
類似検索 - ドメイン・相同性
Tropomyosin alpha-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 7 Å
データ登録者Whitby, F.G. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of tropomyosin at 7 Angstroms resolution.
著者: Whitby, F.G. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録1999年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPOMYOSIN
B: TROPOMYOSIN
C: TROPOMYOSIN
D: TROPOMYOSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1394
ポリマ－131,1394
非ポリマー00
水00
1
A: TROPOMYOSIN
B: TROPOMYOSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5692
ポリマ－65,5692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13500 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area42200 Å2
手法PISA
2
C: TROPOMYOSIN
D: TROPOMYOSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5692
ポリマ－65,5692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13560 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.738, 55.300, 136.259
Angle α, β, γ (deg.)90, 97.415, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TROPOMYOSIN


分子量: 32784.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: CARDIAC MUSCLE / 参照: UniProt: P42639

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
解説: Thimerosal was pre-reacted with purified tropomyosin prior growing crystals (spermine-induced crystal form). One mercury reacts with cyteine-190 of each chain of the molecule. Thus four ...解説: Thimerosal was pre-reacted with purified tropomyosin prior growing crystals (spermine-induced crystal form). One mercury reacts with cyteine-190 of each chain of the molecule. Thus four mercury atoms are present in the asymmetric unit. Two mercury atoms are located adjecent to each other on neighboring chains on the molecule, and for heavy-atom phasing purposes, these pairs were considered as a single point scatterer (due to 7 angstrom resolution limit). SIR phases determined from this derivative showed clear molecular packing consistent with the previously determined 9 angstrom structure in the same crystal form which was determined by molecular replacement using a highly simplified model (Whitby, et al. JMB 1992;227:441-452)
結晶化温度: 291 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.4 / 詳細: SPERMINE, pH 7.4, LIQUID DIFFUSION, temperature 18K
結晶化
*PLUS
温度: 15-17.5 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120-30 mg/mlprotein11
20.040-0.065 Mspermine11
30.070 Mspermine12

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データ収集

回折平均測定温度: 21 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.000, 1.54
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.541
反射解像度: 7→100 Å / Num. obs: 3117 / % possible obs: 96.38 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XTALVIEW精密化
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 7→100 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.404 --
obs-3117 96.38 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9160 0 0 0 9160
LS精密化 シェル解像度: 7→7.25 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.477 285 -
obs--94.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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