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- PDB-1c16: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE GAMMA/DELTA T CELL LIGAND T22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c16
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE GAMMA/DELTA T CELL LIGAND T22
要素
  • MHC-LIKE PROTEIN T22
  • PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / NON-CLASSICAL MHC-LIKE / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY / BETA2-MICROGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Histocompatibility 2, T region locus 22
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wingren, C. / Crowley, M.P. / Degano, M. / Chien, Y. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a gammadelta T cell receptor ligand T22: a truncated MHC-like fold.
著者: Wingren, C. / Crowley, M.P. / Degano, M. / Chien, Y. / Wilson, I.A.
履歴
登録1999年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC-LIKE PROTEIN T22
B: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)
C: MHC-LIKE PROTEIN T22
D: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)
E: MHC-LIKE PROTEIN T22
F: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)
G: MHC-LIKE PROTEIN T22
H: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,6718
ポリマ－166,6718
非ポリマー00
水00
1
A: MHC-LIKE PROTEIN T22
B: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6682
ポリマ－41,6682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
2
C: MHC-LIKE PROTEIN T22
D: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6682
ポリマ－41,6682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
3
E: MHC-LIKE PROTEIN T22
F: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6682
ポリマ－41,6682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
4
G: MHC-LIKE PROTEIN T22
H: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6682
ポリマ－41,6682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
5
A: MHC-LIKE PROTEIN T22
B: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)
C: MHC-LIKE PROTEIN T22
D: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)

E: MHC-LIKE PROTEIN T22
F: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)
G: MHC-LIKE PROTEIN T22
H: PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,6718
ポリマ－166,6718
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area16220 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area72040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.110, 91.470, 122.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
MHC-LIKE PROTEIN T22


分子量: 29919.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q31615
#2: タンパク質
PROTEIN (BETA-2-MICROGLOBULIN)


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 mg/mlprotein11
20.1 Mimidazole-maleate11
30.2 Mcalcium acetate11
410 %PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 38389 / Num. obs: 34819 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3→50 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / % possible all: 69.2
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 69.2 % / Num. unique obs: 2597 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
精密化解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 260335.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 1169 3.4 %RANDOM
Rwork0.284 ---
all0.284 34029 --
obs0.284 29371 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.56 Å2 / ksol: 0.233 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9 Å20 Å20 Å2
2---14.05 Å20 Å2
3---9.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.86 Å0.84 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11652 0 0 0 11652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.602 177 3.3 %
Rwork0.534 5235 -
obs--95.4 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PA / Topol file: PROTEIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 1040 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.245 / Rfactor Rfree: 0.301
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.602 / % reflection Rfree: 3.3 % / Rfactor Rwork: 0.534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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