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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1byj | |||||||||
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タイトル | GENTAMICIN C1A A-SITE COMPLEX | |||||||||
![]() | RNA (16S RNA) | |||||||||
![]() | RNA / COMPLEX (AMINOGLYCOSIDE-RIBOSOMAL RNA) | |||||||||
機能・相同性 | Chem-GE1 / 3,5-DIAMINO-CYCLOHEXANOL / Chem-GE3 / RNA / RNA (> 10)![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
![]() | Yoshizawa, S. / Fourmy, D. / Puglisi, J.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural origins of gentamicin antibiotic action. 著者: Yoshizawa, S. / Fourmy, D. / Puglisi, J.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 788.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 575.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 544.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 115.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 141.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8656.185 Da / 分子数: 1 / 断片: DECODING REGION / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16S RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. |
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#2: 糖 | ChemComp-GE1 / |
#3: 化合物 | ChemComp-GE2 / |
#4: 糖 | ChemComp-GE3 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: A TOTAL OF 326 RNA, 7 GENTAMICIN AND 46 GENTAMICIN-RNA RESTRAINTS WERE USED. 111 EXPERIMENTAL DIHEDRAL RESTRAINTS WERE USED. FOR 38 THE FINAL STRUCTURES DEVIATIONS FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS ...Text: A TOTAL OF 326 RNA, 7 GENTAMICIN AND 46 GENTAMICIN-RNA RESTRAINTS WERE USED. 111 EXPERIMENTAL DIHEDRAL RESTRAINTS WERE USED. FOR 38 THE FINAL STRUCTURES DEVIATIONS FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS ARE: RMSD NMR DISTANCE RESTRAINTS (379) (A): 0.0249 (0.0002) RMSD NMR DIHEDRAL RESTRAINTS (111) (DEG): 0.0127 (0.0016) DEVIATIONS FROM DEALIZED GEOMETRY (CVFF FORCEFIELD) RMSD BONDS (A): 0.0260 ( 0.0000) RMSD ANGLES (DEG): 0.0621 (0.0001) RMSD IMPROPERS (DEG): 0.0485 ( 0.0025) HEAVY ATOM RMS DEVIATIONS OF AVERAGE, MINIMIZED STRUCTURE FROM BEST- FIT SUPERPOSITION OF THE 38 FINAL STRUCTURES RMSD ALL RNA + GENTAMICIN (A): 0.89 |
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試料調製
試料状態 | イオン強度: 10 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6.4 / 温度: 308 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 38 / 登録したコンフォーマーの数: 38 |