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万見
- PDB-1byj: GENTAMICIN C1A A-SITE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1byj
タイトルGENTAMICIN C1A A-SITE COMPLEX
要素RNA (16S RNA)
キーワードRNA / COMPLEX (AMINOGLYCOSIDE-RIBOSOMAL RNA)
機能・相同性Chem-GE1 / 3,5-DIAMINO-CYCLOHEXANOL / Chem-GE3 / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yoshizawa, S. / Fourmy, D. / Puglisi, J.D.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structural origins of gentamicin antibiotic action.
著者: Yoshizawa, S. / Fourmy, D. / Puglisi, J.D.
履歴
登録1998年10月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (16S RNA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1104
ポリマ－8,6561
非ポリマー4543
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)38 / 38LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #2

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要素

#1: RNA鎖 RNA (16S RNA)


分子量: 8656.185 Da / 分子数: 1 / 断片: DECODING REGION / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16S RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
#2: 糖 ChemComp-GE1 / 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranose / 3,4-DIDEOXY-2,6-AMINO-ALPHA-D GALACTOPYRANOSE / 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexose / 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-D-erythro-hexose / 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-erythro-hexose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 146.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14N2O2
#3: 化合物 ChemComp-GE2 / 3,5-DIAMINO-CYCLOHEXANOL


分子量: 130.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O
#4: 糖 ChemComp-GE3 / 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranose / 5-METHYL-4-METHYLAMINO-TETRAHYDRO-PYRAN-2,3,5-TRIOL / 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinose / 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-L-arabinose / 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-arabinose


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 177.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D
1213D
1314D-NOESY
141COSY
151TOCSY
NMR実験の詳細Text: A TOTAL OF 326 RNA, 7 GENTAMICIN AND 46 GENTAMICIN-RNA RESTRAINTS WERE USED. 111 EXPERIMENTAL DIHEDRAL RESTRAINTS WERE USED. FOR 38 THE FINAL STRUCTURES DEVIATIONS FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS ...Text: A TOTAL OF 326 RNA, 7 GENTAMICIN AND 46 GENTAMICIN-RNA RESTRAINTS WERE USED. 111 EXPERIMENTAL DIHEDRAL RESTRAINTS WERE USED. FOR 38 THE FINAL STRUCTURES DEVIATIONS FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS ARE: RMSD NMR DISTANCE RESTRAINTS (379) (A): 0.0249 (0.0002) RMSD NMR DIHEDRAL RESTRAINTS (111) (DEG): 0.0127 (0.0016) DEVIATIONS FROM DEALIZED GEOMETRY (CVFF FORCEFIELD) RMSD BONDS (A): 0.0260 ( 0.0000) RMSD ANGLES (DEG): 0.0621 (0.0001) RMSD IMPROPERS (DEG): 0.0485 ( 0.0025) HEAVY ATOM RMS DEVIATIONS OF AVERAGE, MINIMIZED STRUCTURE FROM BEST- FIT SUPERPOSITION OF THE 38 FINAL STRUCTURES RMSD ALL RNA + GENTAMICIN (A): 0.89

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試料調製

試料状態イオン強度: 10 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6.4 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY+ 500VarianUNITY+ 5005001
Bruker DMX750BrukerDMX7507502

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解析

NMR software
名称開発者分類
DiscoverBIOSYM精密化
NMR ARCHITECT構造決定
DiscoverBIOSYM構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 38 / 登録したコンフォーマーの数: 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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