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- PDB-1bye: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE I FROM MAIS IN COMPLEX WITH ATRAZINE GL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bye
タイトルGLUTATHIONE S-TRANSFERASE I FROM MAIS IN COMPLEX WITH ATRAZINE GLUTATHIONE CONJUGATE
要素PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / HERBICIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to salicylic acid / glutathione binding / response to herbicide / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to reactive oxygen species / response to hydrogen peroxide / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATRAZINE GLUTATHIONE CONJUGATE / Glutathione S-transferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Prade, L. / Huber, R. / Bieseler, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structures of herbicides in complex with their detoxifying enzyme glutathione S-transferase - explanations for the selectivity of the enzyme in plants.
著者: Prade, L. / Huber, R. / Bieseler, B.
履歴
登録1998年10月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
C: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
D: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8088
ポリマ－94,8614
非ポリマー1,9464
水86548
1
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4044
ポリマ－47,4312
非ポリマー9732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
D: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4044
ポリマ－47,4312
非ポリマー9732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
D: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
D: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,61516
ポリマ－189,7238
非ポリマー3,8928
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_444x-1/2,y-1/2,z-11
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area27560 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area60940 Å2
手法PISA
4
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
D: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8088
ポリマ－94,8614
非ポリマー1,9464
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area12810 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.610, 60.280, 121.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.530034, 0.441304, 0.724096), (-0.104256, 0.881346, -0.460825), (-0.841543, 0.168762, 0.513152)
ベクター: -56.9621, -1.6398, -36.4235)

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)


分子量: 23715.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12653
#2: 化合物
ChemComp-ATA / ATRAZINE GLUTATHIONE CONJUGATE


分子量: 486.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30N8O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
25 mMatrazine-GSH conjugate1drop
30.1 MMES1reservoir
420-25 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→12 Å / Num. obs: 22535 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射
*PLUS
冗長度: 2 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.9 % / Rmerge(I) obs: 0.483

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AXD

1axd


解像度: 2.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 -5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs-22535 89.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6664 0 132 48 6844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d3.61
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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