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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1by2 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF M2BP SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH DOMAIN | ||||||
要素 | MAC-2 BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | EXTRACELLULAR MODULE / SCAVENGER RECEPTOR / TUMOUR-ASSOCIATED ANTIGEN / EXTRACELLULAR MATRIX / GLYCOSYLATED PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet dense granule lumen / scavenger receptor activity / cellular defense response / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell adhesion / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome ...platelet dense granule lumen / scavenger receptor activity / cellular defense response / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell adhesion / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hohenester, E. / Sasaki, T. / Timpl, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of a scavenger receptor cysteine-rich domain sheds light on an ancient superfamily. 著者: Hohenester, E. / Sasaki, T. / Timpl, R. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998 タイトル: Mac-2 Binding Protein is a Cell-Adhesive Protein of the Extracellular Matrix which Self-Assembles Into Ring-Like Structures and Binds Beta1 Integrins, Collagens and Fibronectin 著者: Sasaki, T. / Brakebusch, C. / Engel, J. / Timpl, R. #2: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1994 タイトル: The Srcr Superfamily: A Family Reminiscent of the Ig Superfamily 著者: Resnick, D. / Pearson, A. / Krieger, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1by2.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1by2.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1by2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1by2_validation.pdf.gz | 379.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1by2_full_validation.pdf.gz | 379.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1by2_validation.xml.gz | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1by2_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1by2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1by2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12705.093 Da / 分子数: 1 / 断片: SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH (SRCR) DOMAIN / 変異: N-TERMINAL APLA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293-EBNA / 器官: KIDNEY / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08380 |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % 解説: TWO DERIVATIVES (SMCL3 AND UO2SO4) WERE USED AT 3.0 A | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月7日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 9843 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 60557 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED, RMS BONDS 3.5 A**2 交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.27 |