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万見
- PDB-1bxr: STRUCTURE OF CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxr
タイトルSTRUCTURE OF CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE ATP ANALOG AMPPNP
要素(CARBAMOYL-PHOSPHATE ...) x 2
キーワードAMIDOTRANSFERASE / CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process ...carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / amino acid biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit ...Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Rossmann fold - #20 / Glucose Oxidase; domain 1 / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / ATP-grasp fold, B domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / : / TETRAETHYLAMMONIUM ION / L-ornithine / Carbamoyl phosphate synthase large chain / Carbamoyl phosphate synthase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Wesenberg, G. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Carbamoyl phosphate synthetase: closure of the B-domain as a result of nucleotide binding.
著者: Thoden, J.B. / Wesenberg, G. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
履歴
登録1998年10月8日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
B: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
C: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
D: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
E: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
F: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
G: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
H: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)644,90370
ポリマ－637,8518
非ポリマー7,05362
水58,4053242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
F: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,16916
ポリマ－159,4632
非ポリマー1,70614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area46560 Å2
手法PISA, PQS
3
C: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
D: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,29519
ポリマ－159,4632
非ポリマー1,83217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area46180 Å2
手法PISA, PQS
4
A: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
B: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,20017
ポリマ－159,4632
非ポリマー1,73815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area46500 Å2
手法PISA, PQS
5
G: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
H: CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,24018
ポリマ－159,4632
非ポリマー1,77716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area46530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.900, 164.500, 332.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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CARBAMOYL-PHOSPHATE ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質
CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 41480.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6F1, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)

-
非ポリマー , 7種, 3304分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#8: 化合物
ChemComp-NET / TETRAETHYLAMMONIUM ION / テトラエチルアンモニウム


分子量: 130.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID単位一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1Mtetraethylammonium chloride11
2%(w/v)PEG800011
5mML-ornithine11
6mMAMPPNP11
7mMHEPPS11
8mg/mlprotein11
3mM11KCl
4mM11MnCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 446040 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 80
反射
*PLUS
Num. measured all: 1657168 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.265

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1A9X

1a9x


解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: RESIDUES MODELED IN DUAL CONFORMATIONS: ASP A 757, MET A MET A 772, LYS A 881, ARG A 912, ARG E 104, ASN E 936, GLU E 1009, ARG G 490, AND ASN G 936
Rfactor反射数%反射
Rwork0.195 --
all0.195 446040 -
obs-446040 93 %
溶媒の処理Bsol: 435.5 Å2 / ksol: 0.9 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44652 0 366 3242 48260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014579910
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.1236179518
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.31276710
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007121225.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.012665950
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.025813
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.12
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg18.30
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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