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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bwi | ||||||
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タイトル | THE 1.8 A STRUCTURE OF MICROBATCH OIL DROP GROWN TETRAGONAL HEN EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
![]() | HYDROLASE / LYSOZYME / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, J. / Boggon, T.J. / Chayen, N.E. / Raftery, J. / Bi, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bound-solvent structures for microgravity-, ground control-, gel- and microbatch-grown hen egg-white lysozyme crystals at 1.8 A resolution. 著者: Dong, J. / Boggon, T.J. / Chayen, N.E. / Raftery, J. / Bi, R.C. / Helliwell, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 402.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 402.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: drop under paraffin oil / pH: 4.7 詳細: A SOLUTION CONTAINING 40 MG/ML OF LYSOZYME (SIGMA L-6876, BATCH NUMBER, LOT 65H7025, IE A DIFFERENT SIGMA SAMPLE TO THE EXPERIMENTS DESCRIBED ABOVE) IN 10 MM SODIUM CITRATE BUFFER PH 4.7 WAS ...詳細: A SOLUTION CONTAINING 40 MG/ML OF LYSOZYME (SIGMA L-6876, BATCH NUMBER, LOT 65H7025, IE A DIFFERENT SIGMA SAMPLE TO THE EXPERIMENTS DESCRIBED ABOVE) IN 10 MM SODIUM CITRATE BUFFER PH 4.7 WAS MIXED IN AN EPPENDORF TUBE WITH EQUAL VOLUMES OF 12 % SODIUM CHLORIDE (BDH). THE MIXTURE WAS FILTERED THROUGH A 0.22 UM FILTER AND 8 UL DROPS WERE MANUALLY DISPENSED UNDER PARAFFIN OIL USING A GILSON MICRO PIPPETTE. OVER 20 IDENTICAL DROPS WERE SET UP AND, WITHIN A WEEK, SINGLE CRYSTALS TYPICALLY MEASURING 0.5 X 0.4 X 0.3 MM WERE OBTAINED IN MOST OF THE DROPS. CRYSTALLISATION TOOK PLACE AT A TEMPERATURE OF 18 - 20 C., drops under paraffin oil, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microbatch method | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: CARBON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→99 Å / Num. obs: 12081 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 | *PLUS % possible obs: 87.2 % / Num. measured all: 73591 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.74 Å / % possible obs: 43.2 % / Rmerge(I) obs: 0.151 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 193L 解像度: 1.8→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.329 / Rfactor obs: 0.259 |