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- PDB-1bw0: CRYSTAL STRUCTURE OF TYROSINE AMINOTRANSFERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bw0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TYROSINE AMINOTRANSFERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI
要素PROTEIN (TYROSINE AMINOTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / TYROSINE CATABOLISM / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine transaminase / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Tyrosine aminotransferase / Tyrosine/nicotianamine aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Tyrosine aminotransferase / Tyrosine/nicotianamine aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Montemartini, M. / Hunter, G.R. / Kalisz, H.M. / Nowicki, C. / Hecht, H.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi tyrosine aminotransferase: substrate specificity is influenced by cofactor binding mode.
著者: Blankenfeldt, W. / Nowicki, C. / Montemartini-Kalisz, M. / Kalisz, H.M. / Hecht, H.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Tyrosine Aminotransferase from Trypanosoma Cruzi Epimastigotes
著者: Nowicki, C. / Montemartini, M. / Hunter, G.R. / Blankenfeldt, W. / Hecht, H.J.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Aromatic Amino Acid Transamination and Methionine Recycling in Trypanosomatids
著者: Berger, B.J. / Dai, W.W. / Wang, H. / Stark, R.E. / Cerami, A.
#3: ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 1994
タイトル: Production of Aromatic Alpha-Hydroxyacids by Epimastigotes of Trypanosoma Cruzi, and its Possible Role in Nadh Reoxidation
著者: Montemartini, M. / Santome, J.A. / Cazzulo, J.J. / Nowicki, C.
履歴
登録1998年9月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (TYROSINE AMINOTRANSFERASE)
B: PROTEIN (TYROSINE AMINOTRANSFERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9002
ポリマ－92,9002
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area29340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.600, 102.200, 77.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.57939, 0.761052, 0.291731), (0.766816, -0.630292, 0.121344), (0.276225, 0.153399, -0.948772)
ベクター: 5.682, -10.995, -1.489)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (TYROSINE AMINOTRANSFERASE) / E.C.2.6.1.5 TRANSFERASE / TAT


分子量: 46449.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE PROTEIN WAS PURIFIED FROM TRYPANOSOMA CRUZI EPIMASTIGOTES.
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 株: TUL 0 / 参照: UniProt: P33447, tyrosine transaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7
詳細: DIALYSIS OF 2.6 MG/ML PROTEIN AGAINST 25 % (W/W) PEG 8000, 5 MM PLP, 0.1 M PHOSPHATE/CITRATE, PH 7.0, 285 K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 285 K / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 %(w/w)PEG800011
25 mMPLP11
30.1 Mcitrate/phosphate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 285 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS X1000 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年6月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 24668 / % possible obs: 78.4 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 30.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 47
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 47 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
X-GENデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ART

1art


解像度: 2.5→10 Å / SU B: 5.63 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1264 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs-24668 78.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.54 Å20 Å22.74 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----6.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6472 0 0 118 6590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0230.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.020.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.7212
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.3073
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.7382
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.2873
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0810.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2420.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1390.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.02
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.15
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.51 Å / 最低解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor obs: 0.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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