[日本語] English
万見
- PDB-1bvq: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF 4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bvq
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF 4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE FROM PSEUDOMONAS SP. STRAIN CBS-3.
要素PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. CBS3 (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Holden, H.M. / Benning, M.M. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: The three-dimensional structure of 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase from Pseudomonas sp. Strain CBS-3.
著者: Benning, M.M. / Wesenberg, G. / Liu, R. / Taylor, K.L. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M.
履歴
登録1998年9月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3792
ポリマ－16,1401
非ポリマー2381
水1,18966
1
A: PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5158
ポリマ－64,5624
非ポリマー9534
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.600, 56.000, 93.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (4-HYDROXYBENZOYL COA THIOESTERASE)


分子量: 16140.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas sp. CBS3 (バクテリア) / 株: CBS-3 / 参照: UniProt: P56653, EC: 3.8.1.6
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 7
詳細: 0.9 M AMMONIUM SULFATE 1.0 % 2-METHYL-2,4-PENTADIOL 50 MM HEPES PH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.9 Mammonium sulfate11
21 %(v/v)MPD11
350 mMHEPES11
45 mM11NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 8775 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.135 / % possible all: 90
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5E精密化
XDSデータ削減
XCALIBREデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
反射数%反射
obs8775 96 %
溶媒の処理Bsol: 377 Å2 / ksol: 0.9129 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1115 0 15 66 1196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.004
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.04822
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg18.5
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.004

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る