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万見
- PDB-1bun: STRUCTURE OF BETA2-BUNGAROTOXIN: POTASSIUM CHANNEL BINDING BY KUN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bun
タイトルSTRUCTURE OF BETA2-BUNGAROTOXIN: POTASSIUM CHANNEL BINDING BY KUNITZ MODULES AND TARGETED PHOSPHOLIPASE ACTION
要素(BETA2-BUNGAROTOXIN) x 2
キーワードTOXIN / HYDROLASE / PRESYNAPTIC NEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-independent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / potassium channel regulator activity / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / serine-type endopeptidase inhibitor activity / phospholipid binding / toxin activity ...calcium-independent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / potassium channel regulator activity / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / serine-type endopeptidase inhibitor activity / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 beta-bungarotoxin A1 chain / Kunitz-type serine protease inhibitor homolog beta-bungarotoxin B2 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法X線回折 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kwong, P.D. / Mcdonald, N.Q. / Sigler, P.B. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure of beta 2-bungarotoxin: potassium channel binding by Kunitz modules and targeted phospholipase action.
著者: Kwong, P.D. / McDonald, N.Q. / Sigler, P.B. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1995年10月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA2-BUNGAROTOXIN
B: BETA2-BUNGAROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7814
ポリマ－20,7352
非ポリマー462
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.600, 52.600, 177.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-129-

HOH

21B-71-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BETA2-BUNGAROTOXIN / PHOSPHATIDE ACYL-HYDROLASE / PHOSPHATIDYLCHOLINE 2-ACYLHYDROLASE


分子量: 13521.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NUMEROUS NATURAL ISOFORMS, THIS IS THE BETA2 ISOFORM
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
組織: VENOM / 参照: UniProt: P00617, phospholipase A2
#2: タンパク質 BETA2-BUNGAROTOXIN / PHOSPHATIDE ACYL-HYDROLASE / PHOSPHATIDYLCHOLINE 2-ACYLHYDROLASE


分子量: 7213.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NUMEROUS NATURAL ISOFORMS, THIS IS THE BETA2 ISOFORM
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
組織: VENOM / 参照: UniProt: P00989, phospholipase A2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS 1 - 120 (A) FOR THE PHOSPHOLIPASE 1 - 61 (B) FOR THE KUNITZ MODULE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.5 mMEDTA1drop
30.01 %1dropNaN3
41.4 M1dropNaCl
53.3 M1reservoirNaCl
650 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→10 Å / Num. obs: 9372 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射
*PLUS
Num. measured all: 30515 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.45→5 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 -10 %
Rwork0.193 --
obs0.193 7817 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 2 81 1523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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