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- PDB-1bre: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bre
タイトルIMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN PROTEIN
要素BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
キーワードIMMUNOGLOBULIN (抗体)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schormann, N. / Benson, M.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Tertiary structure of an amyloid immunoglobulin light chain protein: a proposed model for amyloid fibril formation.
著者: Schormann, N. / Murrell, J.R. / Liepnieks, J.J. / Benson, M.D.
履歴
登録1995年7月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
B: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
C: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
D: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
E: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
F: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6716
ポリマ－71,6716
非ポリマー00
水63135
1
A: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
B: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
C: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
D: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
E: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
F: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE

A: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
B: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
C: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
D: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
E: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE
F: BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,34112
ポリマ－143,34112
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)82.290, 77.730, 82.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 8 / 2: CIS PROLINE - PRO A 95 / 3: CIS PROLINE - PRO B 8 / 4: CIS PROLINE - PRO B 95 / 5: CIS PROLINE - PRO C 8 / 6: CIS PROLINE - PRO C 95 / 7: CIS PROLINE - PRO D 8 / 8: CIS PROLINE - PRO D 95 / 9: CIS PROLINE - PRO E 8 / 10: CIS PROLINE - PRO E 95 / 11: CIS PROLINE - PRO F 8 / 12: CIS PROLINE - PRO F 95
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.467, -0.003, 0.884), (0.004, -1, -0.002), (0.884, 0.002, 0.467)-2.46, 31.5, 1.4
2given(-0.503, -0.01, -0.864), (-0.002, -1, -0.011), (-0.864, -0.004, 0.503)61.78, 6.59, 35.28
3given(1, -0.001, 0.017), (-0.001, -1, -0.006), (0.017, 0.006, -1)-0.69, -19.97, 71.64
4given(0.489, 0.01, 0.872), (-0.007, 1, -0.008), (-0.872, -0.002, 0.489)-20.98, 13.41, 36.43
5given(-0.527, 0.019, 0.85), (0.005, 1, -0.019), (-0.85, -0.006, -0.527)0.38, 26.64, 72.57
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 B 1 .. B 107 A 1 .. A 107 0.600 MONOMER 2 TO MONOMER 1 (DIMER 1) M2 D 1 .. D 107 C 1 .. C 107 0.729 MONOMER 4 TO MONOMER 3 (DIMER 2) M3 F 1 .. F 107 E 1 .. E 107 0.658 MONOMER 6 TO MONOMER 5 (DIMER 3) M4 C 1 .. C 107 A 1 .. A 107 0.719 M4 D 1 .. D 107 B 1 .. B 107 0.761 DIMER 2 TO DIMER 1 M5 E 1 .. E 107 A 1 .. A 107 0.576 M5 F 1 .. F 107 B 1 .. B 107 0.719 DIMER 3 TO DIMER 1

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要素

#1: 抗体
BENCE-JONES KAPPA I PROTEIN BRE / BENCE-JONES


分子量: 11945.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PATIENT BRE / 遺伝子: CDNA (GENBANK ACCESSION CODE / プラスミド: PCZ11
遺伝子 (発現宿主): CDNA (GENBANK ACCESSION CODE U31344)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: PIR: I39154
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.25-2.5 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMcitrate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→71.2 Å / Num. obs: 42843 / % possible obs: 47.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101
反射
*PLUS
Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.101

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
R-AXISデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2→5 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 -10 %
Rwork0.218 --
obs0.218 32373 57 %
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4974 0 0 35 5009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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