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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1br5 | ||||||
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タイトル | RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH NEOPTERIN | ||||||
要素 | PROTEIN (RICIN) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ricinus communis (トウゴマ) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Day, P. / Yan, X. / Hollis, T. / Svinth, M. / Monzingo, A.F. / Milne, G.W.A. / Robertus, J.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure-based identification of a ricin inhibitor. 著者: Yan, X. / Hollis, T. / Svinth, M. / Day, P. / Monzingo, A.F. / Milne, G.W. / Robertus, J.D. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993 タイトル: The Structure of Recombinant Ricin a Chain at 2.3 Angstroms 著者: Mlsna, D. / Monzingo, A.F. / Katzin, B.J. / Ernst, S. / Robertus, J.D. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: Structure of Ricin A-Chain at 2.5 Angstroms 著者: Katzin, B.J. / Collins, E.J. / Robertus, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1br5.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1br5.ent.gz | 48.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1br5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1br5_validation.pdf.gz | 717.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1br5_full_validation.pdf.gz | 725.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1br5_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1br5_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/1br5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/1br5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 器官: SEED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NEO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.9 / 詳細: pH 8.9 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Robertus, J.D., (1987) J. Biol. Chem., 262, 19. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→20 Å / Num. obs: 11996 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.0717 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.41 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB ENTRY 1RTC 解像度: 2.5→10 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 /
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.242 |