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- PDB-1bps: MINOR CONFORMER OF A BENZO[A]PYRENE DIOL EPOXIDE ADDUCT OF DA IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bps
タイトルMINOR CONFORMER OF A BENZO[A]PYRENE DIOL EPOXIDE ADDUCT OF DA IN DUPLEX DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*(BAP)AP*CP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / BENZO[A]PYRENE DIOL EPOXIDE ADDUCT / DUPLEX DNA
機能・相同性1,2,3-TRIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF NOE DISTANCE RESTRAINTS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING
データ登録者Schwartz, J.S. / Rice, J.S. / Luxon, B.A. / Sayer, J.M. / Xie, G. / Yeh, H.J.C. / Liu, X. / Jerina, D.M. / Gorenstein, D.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the minor conformer of a DNA duplex containing a dG mismatch opposite a benzo[a]pyrene diol epoxide/dA adduct: glycosidic rotation from syn to anti at the modified deoxyadenosine.
著者: Schwartz, J.L. / Rice, J.S. / Luxon, B.A. / Sayer, J.M. / Xie, G. / Yeh, H.J. / Liu, X. / Jerina, D.M. / Gorenstein, D.G.
履歴
登録1998年8月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl.type / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*(BAP)AP*CP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8023
ポリマ－5,4982
非ポリマー3041
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*(BAP)AP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2780.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: (+)-(7R,8S,9S,10R)-7,8-DIHYDROXY-9,10-EPOXY-7,8,9,10- TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE IS COVALENTLY BONDED TO THE EXOCYCLIC N6 AMINO GROUP OF DEOXYADENOSINE IN THE CENTER OF THE DUPLEX THROUGH TRANS ...詳細: (+)-(7R,8S,9S,10R)-7,8-DIHYDROXY-9,10-EPOXY-7,8,9,10- TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE IS COVALENTLY BONDED TO THE EXOCYCLIC N6 AMINO GROUP OF DEOXYADENOSINE IN THE CENTER OF THE DUPLEX THROUGH TRANS ADDITION AT THE C10 OF THE EPOXIDE.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 2716.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BENZO[A]PYRENE DIOL EPOXIDE ADDUCT OF DA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BAP / 1,2,3-TRIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE / (7R)-7,8,9,10-テトラヒドロベンゾ[a]ピレン-7β,8α,9α-トリオ-ル


分子量: 304.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121ROESY
131TOCSY
1412D EXCHANGE-ONLY SPECTRA
NMR実験の詳細Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM 2D NOESY EXPERIMENTS DONE IN 99.999% D2O AND 90% H2O/ 10% D2O. 2D ROESY, TOCSY, AND EXCHANGE- ...Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM 2D NOESY EXPERIMENTS DONE IN 99.999% D2O AND 90% H2O/ 10% D2O. 2D ROESY, TOCSY, AND EXCHANGE-ONLY EXPERIMENTS WERE USED IN THE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT PROCESS.

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試料調製

試料状態イオン強度: 76 mM / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7501
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber4.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
MORASS2.2Luxonstructure calculation
Amber4.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMANstructure calculation
精密化手法: RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF NOE DISTANCE RESTRAINTS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: THE FOLLOWING RESTRAINTS WERE APPLIED IN THE MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION CALCULATIONS: (1) INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS DIRECTLY DERIVED FROM RELAXATION MATRIX ANALYSIS OF NOE ...詳細: THE FOLLOWING RESTRAINTS WERE APPLIED IN THE MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION CALCULATIONS: (1) INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS DIRECTLY DERIVED FROM RELAXATION MATRIX ANALYSIS OF NOE DATA; (2) IMINO PROTON HYDROGEN BOND RESTRAINTS FOR ALL BASE PAIRS EXCEPT THE CENTRAL DA-DG MISMATCH PAIR. THE MODIFIED DA RESIDUE OF THIS MINOR CONFORMER DISPLAYED A C2'-ENDO SUGAR PUCKER AND AN ANTI GLYCOSIDIC BOND. IT FORMED AN ANTI:ANTI BASE PAIR CONTAINING TWO HYDROGEN BONDS WITH THE OPPOSITE DG. THE MODIFIED DA RESIDUE OF THE MAJOR CONFORMER OF THIS MOLECULE [YEH ET AL. (1995) BIOCHEMISTRY 34, 13570-13581] DISPLAYED C3'-ENDO SUGAR PUCKER AND A SYN GLYCOSIDIC BOND. THE MAJOR CONFORMER MODIFIED DA RESIDUE FORMED A SYN:ANTI BASE PAIR CONTAINING NON-WATSON CRICK HYDROGEN BONDS WITH THE OPPOSITE DG. MORE REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PRIMARY JOURNAL CITATION (SCHWARTZ ET AL.,1997).
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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