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- PDB-1boe: STRUCTURE OF THE IGF BINDING DOMAIN OF THE INSULIN-LIKE GROWTH FA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1boe
タイトルSTRUCTURE OF THE IGF BINDING DOMAIN OF THE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING PROTEIN-5 (IGFBP-5): IMPLICATIONS FOR IGF AND IGF-I RECEPTOR INTERACTIONS
要素PROTEIN (INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING PROTEIN-5 (IGFBP-5))
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / MINI-IGFBP-5 / IGFBP-5 / IGF / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle tissue development / negative regulation of skeletal muscle hypertrophy / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / mammary gland involution / negative regulation of growth / negative regulation of smooth muscle cell migration / insulin-like growth factor II binding ...negative regulation of muscle tissue development / negative regulation of skeletal muscle hypertrophy / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / mammary gland involution / negative regulation of growth / negative regulation of smooth muscle cell migration / insulin-like growth factor II binding / type B pancreatic cell proliferation / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / response to growth hormone / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hair follicle morphogenesis / lung alveolus development / fibronectin binding / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to cAMP / striated muscle cell differentiation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / female pregnancy / Post-translational protein phosphorylation / regulation of cell growth / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / osteoblast differentiation / glucose homeostasis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of translation / intracellular signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein 5 / Omega-AgatoxinV - #20 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues ...Insulin-like growth factor binding protein 5 / Omega-AgatoxinV - #20 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMUALTED ANNEALING
データ登録者Kalus, W. / Zweckstetter, M. / Renner, C. / Sanchez, Y. / Georgescu, J. / Grol, M. / Demuth, D. / Schumacherdony, C. / Lang, K. / Holak, T.H.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structure of the IGF-binding domain of the insulin-like growth factor-binding protein-5 (IGFBP-5): implications for IGF and IGF-I receptor interactions.
著者: Kalus, W. / Zweckstetter, M. / Renner, C. / Sanchez, Y. / Georgescu, J. / Grol, M. / Demuth, D. / Schumacher, R. / Dony, C. / Lang, K. / Holak, T.A.
履歴
登録1998年7月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING PROTEIN-5 (IGFBP-5))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2091
ポリマ－5,2091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING PROTEIN-5 (IGFBP-5)) / MINI-IGFBP-5


分子量: 5208.933 Da / 分子数: 1 / 断片: BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24593
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX750 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX750 / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XPLOR構造決定
精密化手法: SIMUALTED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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