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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bn5 | ||||||
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タイトル | HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE 2 | ||||||
![]() | METHIONINE AMINOPEPTIDASE | ||||||
![]() | AMINOPEPTIDASE / METHIONINE AMINOPEPTIDASE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, S. / Widom, J. / Kemp, C.W. / Crews, C.M. / Clardy, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with fumagillin. 著者: Liu, S. / Widom, J. / Kemp, C.W. / Crews, C.M. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52985.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH T-BUTANOL AND COBALT / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P50579, methionyl aminopeptidase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.4 / 詳細: pH 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→26.5 Å / Num. obs: 42299 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.149 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 154879 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XGS 解像度: 1.8→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION FROM X-PLOR USED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |