PDB-1bn0: SL3 HAIRPIN FROM THE PACKAGING SIGNAL OF HIV-1, NMR, 11 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bn0

タイトル

SL3 HAIRPIN FROM THE PACKAGING SIGNAL OF HIV-1, NMR, 11 STRUCTURES

要素

SL3 RNA HAIRPIN

キーワード

RNA / HIV-1 / PACKAGING / TETRALOOP / RIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Pappalardo, L. / Kerwood, D.J. / Pelczer, I. / Borer, P.N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional folding of an RNA hairpin required for packaging HIV-1.
著者: Pappalardo, L. / Kerwood, D.J. / Pelczer, I. / Borer, P.N.

履歴

登録	1998年7月31日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bn0.cif.gz	143.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bn0.ent.gz	116.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1bn0_validation.pdf.gz	328.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bn0_full_validation.pdf.gz	390.2 KB	表示
XML形式データ	1bn0_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	1bn0_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bn0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2m22-d 2hns-d 1lnt-d 1pjy-d 1ht4-d 2htt-d 5jhc-8 1fyj-d 2rrc-d 2z2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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リボスイッチ (Riboswitches)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
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類似性 (1)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SL3 RNA HAIRPIN

6.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 500	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: RNA鎖	SL3 RNA HAIRPIN 分子量: 6477.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	H-PCOSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURES WERE DETERMINED FROM 2D NOESY EXPERIMENTS PERFORMED BOTH IN H2O AND D2O. THE DISTANCE RESTRAINTS DETERMINED FROM MARDIGRAS WERE BASED ON INTENSITIES FROM A NOESY WITH A MIXING ...

-
試料調製

詳細	内容: WATER
試料状態	イオン強度: 30mM / pH: 7 / 圧: NORMAL / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称:

AMBER / 分類: 精密化

NMR software

名称	開発者	分類
Amber	PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN	精密化
MARDIGRAS		構造決定
DYANA		構造決定
Amber		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: AVERAGE SIXTH ROOT RESIDUAL NMR INDEX = 0.07, AVERAGE RESTRAINT VIOLATION = 0.06 ANGSTROM.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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