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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1blf | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF DIFERRIC BOVINE LACTOFERRIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
要素 | LACTOFERRIN | |||||||||
キーワード | IRON-BINDING PROTEIN / LACTOFERRIN / TRANSFERRIN / CARBOHYDRATE STRUCTURE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast development / specific granule / antifungal humoral response ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast development / specific granule / antifungal humoral response / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / Neutrophil degranulation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / ossification / innate immune response in mucosa / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Moore, S.A. / Anderson, B.F. / Groom, C.R. / Haridas, M. / Baker, E.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Three-dimensional structure of diferric bovine lactoferrin at 2.8 A resolution. 著者: Moore, S.A. / Anderson, B.F. / Groom, C.R. / Haridas, M. / Baker, E.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1blf.cif.gz | 149.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1blf.ent.gz | 117 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1blf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/1blf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/1blf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 76244.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / Secretion: MILK / 株: FRESIAN JERSEY CROSS / 参照: UniProt: P24627 |
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-糖 , 3種, 3分子
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 54分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: USED SEPARATE N AND C LOBES | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: dialaysis / pH: 7.7 詳細: 25 MM TRIS/HCL, PH 7.7 8% (V/V) MPD 6.5% (V/V) ETHANOL DIALYSED AGAINST A 200 MG/ML SOLUTION OF PROTEIN AT 277 K., dialaysis | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 / 詳細: 0.3 MM COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 22017 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 95.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 81067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HUMAN LACTOFERRIN 解像度: 2.8→30 Å / Isotropic thermal model: BCORREL WITH MODIFICATIONS / 交差検証法: FREE R FACTOR 立体化学のターゲット値: PROTGEO WITH MODIFICATIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5EA / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 68.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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