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- PDB-1blc: INHIBITION OF BETA-LACTAMASE BY CLAVULANATE: TRAPPED INTERMEDIATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1blc
タイトルINHIBITION OF BETA-LACTAMASE BY CLAVULANATE: TRAPPED INTERMEDIATES IN CRYOCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE(ACTING IN CYCLIC AMIDES)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CEM / Chem-TEM / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, C.C.H. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Inhibition of beta-lactamase by clavulanate. Trapped intermediates in cryocrystallographic studies.
著者: Chen, C.C. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Phosphonate-Inhibited Beta-Lactamase: An Analog of the Tetrahedral Transition State(Slash)Intermediate of Beta-Lactam Hydrolysis
著者: Chen, C.C.H. / Rahil, J. / Pratt, R.F. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Herzberg, O.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Structural Basis for the Inactivation of the P54 Mutant of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1
著者: Herzberg, O. / Kapadia, G. / Blanco, B. / Smith, T.S. / Coulson, A.
#4: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: Penicillin-Binding and Degrading Enzymes
著者: Herzberg, O. / Moult, J.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics. Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Herzberg, O. / Moult, J.
#6: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1985
タイトル: The Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus at 0.5Nm Resolution
著者: Moult, J. / Sawyer, L. / Herzberg, O. / Jones, C.L. / Coulson, A.F.W. / Green, D.W. / Harding, M.M. / Ambler, R.P.
履歴
登録1993年9月27日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2984
ポリマ－28,8431
非ポリマー4543
水5,837324
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子

A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5958
ポリマ－57,6862
非ポリマー9096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.100, 88.000, 141.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: GLU 166 - ILE 167 CIS PEPTIDE BOND.
2: SIDE CHAINS AND DERIVATIVES HAVE BEEN MODELLED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS AND ASSIGNED ALTERNATE LOCATION INDICATORS *A* AND *B*.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

21A-606-

HOH

31A-619-

HOH

41A-623-

HOH

51A-624-

HOH

61A-625-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE


分子量: 28843.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P00807, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CEM / N-(1-CARBOXY-2-HYDROXY-4-OXO-BUTYL)-N-(3-OXO-CISPROPENYL)AMINE


分子量: 201.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO5
#4: 化合物 ChemComp-TEM / N-(2-HYDROXY-4-OXO-BUTYL)-N-(3-OXO-TRANSPROPENYL)AMINE


分子量: 157.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ACTIVE SITE SERINE IS SER 70. THERE IS AN OXYANION HOLE FORMED BY THE MAIN CHAIN NITROGEN ATOMS ...THE ACTIVE SITE SERINE IS SER 70. THERE IS AN OXYANION HOLE FORMED BY THE MAIN CHAIN NITROGEN ATOMS OF SER 70 AND GLN 237, IN A SIMILAR MANNER TO THE SERINE PROTEASE STRUCTURES.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THERE ARE TWO CLAVULANATE DEGRADATION PRODUCTS, COVALENTLY BOUND TO SER 70, AND ALTERNATELY ...THERE ARE TWO CLAVULANATE DEGRADATION PRODUCTS, COVALENTLY BOUND TO SER 70, AND ALTERNATELY OCCUPYING THE ACTIVE SITE. THESE HAVE BEEN INTERPRETED AS CIS AND TRANS ENAMINES. THE TRANS ENAMINE LACKS A CARBOXYLATE GROUP. THE CIS ENAMINE IS LABELLED CEM AND THE TRANS ENAMINE IS LABELLED TEM (*INC* AND *INT*, RESPECTIVELY, IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE). THE OG ATOM OF SER 70 ADOPTS ALTERNATE LOCATIONS, WHICH ARE REPRESENTED BY THE ALTERNATE LOCATION INDICATORS *A* AND *B*. *A* CORRESPONDS TO THE BINDING TO CEM, AND *B* TO THE BINDING TO TEM. THE INHIBITOR, SULFATE ION, AND WATER MOLECULES ARE GIVEN IN THE HETATM LIST. THE WATER MOLECULES ARE LISTED IN DECREASING ORDER OF OCCUPANCY**2/B, AND ARE NUMBERED STARTING FROM 301 INSTEAD OF FROM 1, AS IN THE PUBLICATION CITED IN THE *JRNL* RECORDS ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: unknown
詳細: referred to 'Moult, J.', (1985) Biochem.J., 225, 167.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160-75 %satammonium sulfate11
210-20 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 3.72 Å / Num. all: 21726 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 46421 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 2.17 Å / % possible obs: 96 % / Num. possible: 3557 / Num. measured obs: 1635 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 31.5

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.179 14015
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 30 324 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.036
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.090.112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.1170.138
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.1190.138
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.1480.159
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2430.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2440.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.280.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.15
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.9120
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor28.6120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 14015 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.199 / Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Rfactor all: 0.21 / Rfactor obs: 0.178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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