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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bkl | ||||||
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タイトル | SELF-ASSOCIATED APO SRC SH2 DOMAIN | ||||||
![]() | PP60 V-SRC TYROSINE KINASE TRANSFORMING PROTEIN | ||||||
![]() | V-SRC SH2 DOMAIN / PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN / PP60 SRC SH2 DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion ...osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion / phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holland, D.R. / Rubin, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel Pp60Src Sh2 Domain Crystal Structures: A 2.0 Angstrom Co-Crystal Structure of a D-Amino Acid Substituted Phosphopeptide Complex and a 2.1 Angstrom Apo Structure Displaying Self-Association 著者: Holland, D.R. / Lunney, E.A. / Plummer, M.S. / Mueller, W.T. / Mcconnell, P. / Pavlovsky, A. / Para, K.S. / Shahripour, A. / Humblet, C. / Sawyer, T.K. / Rubin, J.R. #1: ![]() タイトル: Binding of a High Affinity Phosphotyrosyl Peptide to the Src Sh2 Domain: Crystal Structures of the Complexed and Peptide-Free Forms 著者: Waksman, G. / Shoelson, S.E. / Pant, N. / Cowburn, D. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 393.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1spsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12837.392 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 DOMAIN 変異: INS(GS) AT N-TERMINUS, INS(EFIVTD) AT C-TERMINUS, BYPRODUCT OF CLONING 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Alpharetrovirus / 株: SCHMIDT-RUPPIN STRAIN A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | G-S ARE NOT NATURAL SEQUENCE - BYPRODUCT OF CLONING E-F-I-V-T-D NOT NATURAL SEQUENCE - BYPRODUCT OF CLONING |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 % / 解説: WAKSMAN AND KURIYAN SRC SH2 STRUCTURE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE PH 6.6 , 25 MG/ML SRC SH2, SITTING DROPS, vapor diffusion - sitting drop |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: CU FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 6947 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 70.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PROTEIN MODEL FROM 1SPS 解像度: 2.1→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8 /
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